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Sommaire
De toutes les figures qui marquèrent l'histoire de la galaxie, le Comte Dooku fut sans doute le personnage le plus déterminant pour le destin de la République et de l'Ordre Jedi. Issu d'une famille très influente, Maître Jedi respecté pendant plusieurs décennies, Dooku, déjà un esprit dissident à la base, finit par succomber au Côté Obscur pour devenir l'apprenti de Dark Sidious en prenant le nom Sith de Dark Tyranus et en amorçant un mouvement de sécession au sein du gouvernement galactique qui finit par aboutir à la création de la Confédération des Systèmes Indépendants et au déclenchement de la Guerre des Clones. S'il avait contribué à déclencher ce conflit majeur, Dooku ne lui survécut pas, trahi au final par son Maître Sith.
I. La vie d'un Jedi
Né sur la planète Serenno quelques 102 ans avant la Bataille de Yavin, Dooku était l'héritier d'une famille noble, et par conséquent très riche, de cette planète. Par ailleurs, outre sa position sociale et la fortune dont il serait le bénéficiaire, les aptitudes dans la Force de Dooku étaient des plus impressionnantes. Éduqué de manière stricte dans le milieu aristocratique dans lequel il était né, Dooku faisait néanmoins la fierté de ses parents de par ses dons dans la Force. Au final, il fut repéré et remis à l'Ordre Jedi pour suivre la formation des gardiens de la paix et de la justice. De loin l'apprenti le plus talentueux de sa promotion, Dooku s'avérait particulièrement doué dans la maîtrise de la télékinésie, son aisance pour déplacer mentalement des objets étant plus que flagrante alors que Dooku n'était âgé que de sept ans. À noter que, bien avant de devenir Padawan, le jeune garçon avait été initié à la diplomatie et aux rouages de la politique, atouts qui lui serviraient ultérieurement au cours de sa vie.
Puis, à l'âge de treize ans, comme le voulait la tradition Jedi, Dooku fut pris comme Apprenti Padawan par le Chevalier Jedi Thame Cerulian. Cerulian était à cette époque un membre éminent du Conseil Jedi et était principalement connu pour ses talents d'historien. Ce fut à cette époque que Dooku fit l'expérience de la trahison de la part d'un proche. Jeune novice Jedi, Dooku avait plusieurs amis dont son compagnon et novice Jedi Lorian Nod. Ce dernier avait volé dans les Archives Jedi un artefact obscur appelé l'Holocron Noir afin de gagner certains avantages sur les autres Padawans potentiels. Dooku découvrit cela et voulut convaincre son ami de le remettre en place, mais les deux jeunes gens furent surpris par Oppo Rancisis, le Maître Jedi découvrant le précieux objet volé. Ne voulant pas être le seul à tomber pour avoir bravé un interdit, Nod impliqua son ami Dooku dans le vol de l'holocron, ce qui choqua profondément le jeune homme originaire de Serenno. Un peu plus tard, Nod demanda à son ami de le couvrir dans cette histoire, mais la rancœur de Dooku était immense à ce moment-là. Et cette colère éclata au cours d'un exercice, le jour suivant, lorsque les deux jeunes hommes en vinrent aux mains. Yoda interrompit le combat et Dooku et Nod furent examinés séparément par les membres du Conseil Jedi. Au final, la vérité fut faite, Dooku innocenté et Lorian Nod révoqué de l'Ordre Jedi. Malgré cela, cette expérience rendit Dooku plus méfiant vis-à-vis de toute relation supposée amicale ou de quelconque attachement, car cela devant conduire inéluctablement à la possibilité d'une trahison dans le pire des cas. Ironiquement, cette leçon ne fut pas complètement assimilée par Dooku malgré ce qu'il en disait, comme put en témoigner sa mort qui surviendrait des décennies plus tard.
Poursuivant sa formation sous l'égide de Maître Cerulian, Dooku ne manqua pas toutefois d'attirer l'attention de Yoda, Grand Maître de l'Ordre Jedi, qui devint un bon conseiller et un confident pour le jeune Padawan. Par ailleurs, outre le fait de corriger les défauts de l'apprenti, Yoda perfectionna l'entraînement de Dooku dans le maniement du sabre laser. Dooku fit de considérables progrès dans ce domaine ainsi qu'en matière de compréhension de la Force. Cette tendance ne fit que se confirmer avec les années, puisque Dooku devint l'un des meilleurs duellistes que l'Ordre Jedi n'eût jamais compté dans ses rangs. Dooku développa tout son potentiel sous la tutelle de Thame Cerulian, qui voyait dans son disciple l'un des plus talentueux Padawans qui fût. Au fil des ans, Dooku s'avéra être un électron libre parmi ses confrères de l'Ordre. En effet, Dooku se fiait avant tout à ses idéaux et à ses intuitions, ne laissant que peu de place à la méditation propre à la Force Unificatrice. Son sens développé de l'indépendance et son caractère entêté le mettaient parfois en marge de l'Ordre Jedi, le Jedi ayant des vues très radicales sur le système corrompu de la République.
Réussissant les Épreuves Jedi et accédant au rang de Chevalier, Dooku se vit assigner de nombreuses missions concernant des conflits ou des crises planétaires, ses talents de négociateur n'étant égalés que par ses aptitudes au sabre laser. Et même si son esprit indépendant le menait parfois à entrer en désaccord avec le Conseil Jedi, Dooku figurait parmi les Jedi les plus respectés de son temps. D'ailleurs, il transmit cet esprit quelque peu frondeur à son disciple Qui-Gon Jinn. Ce dernier n'avait qu'une différence d'à peine dix ans avec son aîné et mentor. Dooku était impressionné par le potentiel de Qui-Gon et le prit sous son aile. Les deux hommes formèrent dès lors un duo de choc au service de l'Ordre Jedi. Ensemble, en l'an -76, le maître et l'apprenti furent notamment chargés de protéger le sénateur Blix Annon de pirates qui s'étaient faits une spécialité de kidnapper des sénateurs en échange d'une rançon.
Sur le vaisseau du sénateur, Dooku reconnut l'un de ses vieux amis, Eero Iridian, qui servait désormais en tant qu'aide de camp du sénateur Blix Annon. Comme cela devait arriver, les pirates attaquèrent le navire en exploitant l'une de ses faiblesses. Malgré tous leurs efforts, Dooku et Jinn ne purent empêcher l'enlèvement du politique. Pire pour Dooku, le Maître Jedi avait reconnu lors du raid l'un des pirates, Lorian Nod. Se remémorant sa vieille blessure liée au souvenir de la trahison de son ex-ami, et obsédé par l'idée de ne pas laisser Nod gagner, Dooku en fit une affaire personnelle. Cependant, il n'informa pas le Conseil Jedi de l'échec de sa mission de protection et cacha à son Padawan le fait qu'il connaissait l'un des kidnappeurs. Dooku soupçonnait un acte de sabotage délibéré derrière les dysfonctionnements et les faiblesses de la sécurité à bord de l'appareil du sénateur et le Jedi remonta cette piste jusqu'à une usine sur le monde de Von-Alai. Avec l'aide de son apprenti Qui-Gon Jinn, Dooku découvrit que l'usine en question était la propriété de Caravan, une corporation appartenant à Lorian Nod et qui servait de couverture à ce dernier pour ses actions illégales. Dooku et Qui-Gon poursuivant leurs investigations, Eero Iridian arriva et leur dit qu'un des travailleurs souhaitait leur parler. En réalité, Iridian travaillait pour Nod et conduisit les deux Jedi droit dans un piège, Dooku et Qui-Gon devant faire face à des droïdes de combat Eradicator.
Les Jedi furent forcés de se rendre et se virent injecter des toxines qui les paralysèrent et les rendirent inconscients. Captifs, Dooku et Qui-Gon furent amenés au quartier général de Lorian Nod. Ce dernier comptait retenir ses prisonniers Jedi, entravés par des menottes incapacitantes, jusqu'à ce que la rançon du sénateur Annon fût payée. Malheureusement, le sénateur mourut d'une crise cardiaque. Cette situation paniqua Iridian au plus haut point, et alors qu'il se disputait avec Nod à propos de cet état de fait imprévu, Dooku se libéra et invoqua son sabre laser via la Force. Dooku combattit Nod avec la ferme intention de le tuer. Il fallut l'intervention de Qui-Gon Jinn pour empêcher Dooku d'éliminer son adversaire. Se reprenant, Dooku plaça les deux malfrats pirates en état d'arrestation et retourna sur Coruscant avec son apprenti. Les années et les missions se succédèrent, Dooku et Qui-Gon restant ensemble, notamment sur une mission qui s'étala sur deux ans. Cette assignation fut la dernière pour le duo en tant que maître et élève, Qui-Gon étant désormais prêt à passer les Épreuves Jedi. Avant que leur relation de maître et d'élève ne s'achevât, Dooku offrit à son apprenti quelques conseils : selon Dooku, la compassion de Qui-Gon pour toute forme de vie constituait sa plus grande faiblesse, et le mit en garde contre toute forme de trahison qui viendrait inévitablement d'un ami.
Qui-Gon Jinn passa et réussit avec brio les épreuves qui le consacrèrent Chevalier Jedi, et Dooku fut promu au rang de Maître Jedi. Même si leur relation se fit plus distante suite à l'adoubement de Qui-Gon, Dooku avait profondément marqué le tempérament de son ex-disciple. Qui-Gon Jinn tenait certes beaucoup de sa libre personnalité de son mentor, mais contrairement à Dooku, Jinn s'en était toujours tenu à respecter toute forme de vie et à faire abstraction du dernier conseil de son maître concernant l'inéluctabilité de la trahison. En tant que Maître Jedi, Dooku fut considéré comme l'un des meilleurs instructeurs au sabre laser de tout l'Ordre. D'ailleurs, des démonstrations des techniques de combat au sabre laser de Dooku furent enregistrées dans le Grand Holocron et devinrent des références pour deux générations de Padawans, sans compter qu'une conférence de Dooku traitant de la télékinésie fut enregistrée et préservée par la Jedi Asli Krimsan dans son holocron. Avec de tels talents en tant que Maître Jedi et instructeur pour les jeunes générations, et malgré son caractère d'électron libre, il était indéniable qu'une place au Conseil Jedi fût offerte à Dooku. Mais contre toute attente, celui-ci refusa cet honneur afin de demeurer plus indépendant en agissant comme gardien actif de la paix. Le Conseil ne s'offusqua aucunement de ce choix et approuva le fait que ses dons étaient plus utiles sur le terrain. Et bien qu'il refusât la première fois un siège au Conseil Jedi, l'offre fut réitérée au Maître Jedi qui décida de l'accepter cette fois-ci.
Connu parmi les siens comme un politicien idéaliste, Dooku s'avérait particulièrement doué pour résoudre des disputes de toutes sortes à travers la galaxie. L'une des interventions notables de Dooku fut lors de la Dispute de Sevarcos en l'an -52. Même s'il comptait parmi les aînés de la confrérie des Jedi, Dooku se lia d'amitié avec des Jedi plus jeunes que lui tels que Mace Windu et Sifo-Dyas, ce dernier allant jouer un rôle déterminant dans l'avenir pour Dooku. Et loin de s'arrêter avec la satisfaction d'avoir formé un seul apprenti en la personne de Qui-Gon Jinn, le Maître Jedi prit une jeune femme répondant au nom de Komari Vosa comme nouveau disciple. Vers cette époque, Dooku fit partie d'un convoi diplomatique à bord d'un vaisseau consulaire. Hélas, les négociations échouèrent et dégénérèrent en combat. Dooku sauva à cette occasion une jeune recrue de la Garde du Sénat répondant au nom de Faro Argyus, sévèrement blessé. Les deux hommes, suite à cette aventure, devinrent des amis et des associés.
De toutes les missions que Dooku effectua pour le compte du Conseil Jedi, celle qu'il dirigea sur Galidraan en l'an -44 fut sans doute la plus désastreuse. Rétrospectivement, Dooku vit dans cette mission une épouvantable erreur, loin d'être la première mauvaise décision du Conseil. En urgence, les Jedi reçurent un appel à l'aide du gouverneur de la planète Galidraan, demandant aux représentants de l'Ordre d'intervenir contre des Mandaloriens qui, soi-disant, massacraient des activistes politiques. Une équipe d'intervention d'une vingtaine de Jedi fut montée, bien que mal préparée, et Dooku en prit la tête. Car contrairement à la majeure partie de ses compagnons, Dooku disposait de quelques connaissances concernant l'ennemi qu'ils avaient à affronter. Peu de temps auparavant, le gouverneur de Galidraan avait sollicité les services de Jango Fett et de ses Mandaloriens pour réprimer une insurrection locale, en échange de quoi le gouverneur s'engageait à fournir à Fett la localisation de son ennemi Tor Vizsla, leader des Death Watch. Mais les Mandaloriens furent trahis par le gouverneur qui collaborait avec Vizsla, utilisant les Jedi pour éliminer les troupes de Jango Fett en prétextant une invasion mandalorienne de la planète. Dooku connaissait la réputation de fiers guerriers des Mandaloriens et avait requis des renforts pour les affronter. Mais devant l'urgence de la situation, Dooku dut se contenter de sa force d'attaque initiale.
Les Jedi avaient reçu les coordonnées du camp de Fett et, une fois débarqués, encerclèrent les guerriers mandaloriens. Dooku leur offrit le choix : soit les Mandaloriens se rendaient sans discuter et il leur garantirait un traitement équitable, soit ses Jedi et lui-même n'auraient pas d'autre choix que de les mettre hors d'état de nuire. Les Mandaloriens ouvrirent le feu. Utilisant son arme pour renvoyer les tirs laser des armes de ses opposants, Dooku recourut à ses dons de télékinésie pour dévier des projectiles tirés dans la direction de son groupe. La lutte fut acharnée et les deux camps accusèrent de lourdes pertes, le combat ne s'achevant qu'avec la mort de onze Jedi et l'annihilation quasi complète des forces de Jango Fett. Dooku accusa le coup de ce massacre avec une amertume certaine dans le fond de la gorge, ne réalisant qu'après coup ce que lui et les siens avaient fait. Fett fut capturé et livré au gouverneur sans plus de question, le Mandalorien ayant été réduit en esclavage par la suite. Dooku apprit ultérieurement comment lui et ses pairs avaient été manipulés pour servir les buts du gouverneur, ce qui l'offensa profondément. Par la suite, Dooku chercha à connaître les détails complets de l'histoire qui finit par aboutir à la Bataille de Galidraan et montra de l'intérêt pour le destin de Fett.
Komari Vosa, qui avait participé aux affrontements sur Galidraan, comptait parmi les quelques survivants Jedi. Et même si Dooku louait dans la jeune femme ses talents au sabre laser, il n'était pas convaincu du fait que son apprentie pût devenir Chevalier Jedi, notamment parce que le Maître Jedi était perturbé par les sentiments romantiques inappropriés que Komari ressentait pour lui et parce que sa personnalité était trop versatile. Ce fut la raison pour laquelle Dooku ne la recommanda pas pour passer les Épreuves Jedi et que Vosa fut libérée de ses obligations envers l'Ordre Jedi. L'apprentie de Dooku prit tout sauf bien cette nouvelle, mais Komari Vosa s'arrangea pour participer à une mission sur Baltizaar pour lutter contre le culte du Bando Gora afin de prouver à son maître et aux membres du Conseil qu'ils faisaient fausse route. L'Ordre encaissa de lourdes pertes pour repousser le Bando Gora hors de la planète, et Komari Vosa fut portée manquante et présumée morte. Du point de vue de Dooku, le Conseil gaspillait les vies de nombreux Jedi pour des raisons politiques, et suite aux batailles qui s'étaient déroulées sur Galidraan et Baltizaar, Dooku se retira de plus en plus des affaires de l'Ordre. Refusant des missions assignées par l'instance supérieure des Jedi, Dooku se sentait également concerné par des prédictions faisant état de l'avènement d'un âge de ténèbres sur la galaxie. Et même s'il discutait de ses préoccupations avec certains Maîtres Jedi, c'était en la personne de Sifo-Dyas que Dooku trouvait son meilleur confident.
Le désenchantement de Dooku pour la voie des Jedi ne passa pas inaperçu pour le sénateur Palpatine, alias le Seigneur Noir des Sith Dark Sidious, qui observait Dooku depuis un certain temps et avait prévu d'utiliser sa réputation, ses dons et ses ressources financières pour son plan à grande échelle de domination galactique. Ainsi, bien avant la Crise de Naboo qui survint en l'an -32, Palpatine rencontra à plusieurs reprises Dooku pour recueillir ses opinions et cultiver une alliance avec le Maître Jedi. Même si son obédience allait toujours à l'Ordre Jedi, contre lequel cependant son mécontentement ne faisait que croître, Dooku était persuadé que le Côté Obscur de la Force pouvait être convoqué sans que l'utilisateur ne fût corrompu par son pouvoir. La désillusion du Maître Jedi franchit un nouveau cap quand il apprit le décès de Qui-Gon Jinn lors du duel contre Dark Maul, Dooku prononçant plusieurs condamnations publiques à l'encontre du Sénat de la République et sa bureaucratie gangrénée.
Avec la mort de son premier disciple, plus rien ne retenait Dooku, qui quitta l'Ordre des Jedi. L'humain se retira sur sa planète natale de Serenno et réclama son titre héréditaire de comte. Cette démission surprit ses pairs Jedi, d'autant que Dooku ne donna jamais en public les raisons qui le poussèrent à prendre cette décision. Ayant décidé de quitter la confrérie de son plein gré, Dooku compta parmi ceux que l'on appelait les Vingt Égarés. À ce titre, et en hommage à son travail au sein de l'Ordre Jedi, un buste en bronzium de Dooku fut placé dans l'enceinte des Archives Jedi en compagnie des sculptures des 19 autres Égarés. La perte d'un élément aussi exceptionnel fut ressentie avec une grande amertume par l'ensemble des Jedi. Après sa démission, Dooku contacta son vieil ami et allié Faro Argyus, devenu capitaine dans la Garde du Sénat, le soldat acceptant de travailler en secret pour l'ancien Maître Jedi.
II. Au service de Dark Sidious
Même s'il était fort possible que Dooku fût sous l'influence de Palpatine bien avant la mort de Qui-Gon, le Seigneur Noir connaissant bien les désillusions de Dooku à propos de la République et des Jedi, le comte n'en était pas pour autant un Sith à part entière, d'autant qu'en ce temps-là il n'avait pas connaissance de l'identité Sith de Palpatine. Et même si après la Bataille de Naboo de l'an -32, Dooku songeait à donner la chasse au second Sith, Dark maul ayant été tué par Obi-Wan Kenobi, il parvint à la conclusion que, même en éliminant le second Sith, il ne parviendrait pas à freiner la progression inévitable du Côté Obscur de la Force. Peu après, Dooku fut approché par Dark Sidious, avec qui il eut une longue discussion. Dans des circonstances assez obscures, Sidious convainquit Dooku de devenir son allié et, après une carrière de 70 ans à servir la paix et la justice en tant que Maître Jedi, le Comte Dooku succomba au Côté Obscur et devint le Seigneur Sith Dark Tyranus, nouvel apprenti de Dark Sidious.
Avec ses possessions sur Serenno et les immenses ressources pécuniaires dont il disposait, le Comte Dooku servait désormais les objectifs de son maître. À la même époque, suite à la défection de Dooku des rangs de l'Ordre Jedi, son ami et ancien confrère Sifo-Dyas passa commande d'une armée de soldats aux cloneurs de la planète Kamino dans le but de défendre la République dans un proche avenir. Sidious informa son apprenti de la situation et lui ordonna d'éliminer Sifo-Dyas : d'une part, cela leur permettrait de mettre discrètement la main sur la future armée que les cloneurs allaient créer, les légions de soldats clones devant servir les plans du Seigneur Noir dans les années à venir, et d'autre part Dark Sidious souhaitait tester l'allégeance de Dooku aux Sith et au Côté Obscur. Sans le moindre remords, Dooku s'exécuta et assassina le Maître Jedi qui avait été son plus proche confident. Dooku conserva le corps sans vie de Sifo-Dyas dans un cylindre de stockage pendant plusieurs années. Par ailleurs, Dooku réussit à effacer de la mémoire des Archives Jedi les coordonnées stellaires de Kamino ainsi que de plusieurs autres mondes, en profitant également pour voler des informations concernant des routes hyperspatiales Jedi secrètes à travers la région du Noyau Profond.
Même si d'un point de vue officiel Dooku s'était retiré de la vie publique, le comte de Serenno avait tout de même un emploi du temps bien rempli. Un jour, alors qu'il était en mission sur Géonosis pour le compte de Dark Sidious, le Comte Dooku impressionna Poggle le Bref par sa vaste connaissance des anciens vaisseaux atmosphériques manufacturés par les Géonosiens. Puis l'archiduc Géonosien présenta à Dooku un voilier interstellaire de classe Punworcca 116 en guise de cadeau, ce qui ravit le comte, qui acquit une voile solaire exotique dans l'Enclave Gree et qu'il fit installer sur son nouveau voilier solaire. Ce vaisseau serait son engin personnel pour le reste de sa vie. En parallèle, Dooku perfectionnait son apprentissage du Côté Obscur auprès de Sidious dans une région industrielle désaffectée de Coruscant connue sous le nom des Usines. Cependant, des affaires plus urgentes préoccupèrent davantage les deux Seigneurs Sith. En effet, le culte du Bando Gora fit à nouveau parler de lui et l'influence de cette organisation était suffisante pour constituer une menace pour Dark Sidious. Ce fut grâce à Komari Vosa, ancienne disciple de Dooku, présumée morte et nouveau chef du Bando Gora que le culte put se fortifier au point de représenter une menace. Sidious donna l'ordre à son apprenti Dooku de régler cette affaire de la manière la plus expéditive qui fût en tuant Vosa.
Dans le même temps, Dark Sidious avait également chargé Dooku de recruter la personne qui servirait de modèle génétique aux clones de la future Grande Armée de la République, un homme suffisamment fort pour tenir tête à des Jedi et les massacrer. Dooku s'arrangea pour faire d'une pierre deux coups en résolvant ces deux problèmes en même temps de la manière suivante : le comte plaça une prime exorbitante de cinq millions de crédits sur la tête de Komari Vosa, faisant en sorte d'attirer de nombreux chasseurs de primes qui ne manqueraient de s'entredéchirer pour une récompense aussi colossale. Le vainqueur deviendrait l'archétype génétique devant servir à la genèse des clones. Jango Fett triompha et captura Vosa vivante sur Kohlma, une lune de Bogden. Tyranus avait secrètement assisté à la confrontation entre Fett et son ex-apprentie, et lorsqu'il manifesta sa présence le Comte Dooku tua Komari Vosa via la Force. Le chasseur de primes réclama sa paie, mais Fett demeura néanmoins intrigué par la proposition que le Comte Dooku lui fit par la suite, le Sith garantissant au chasseur de primes des richesses bien plus substantielles si celui-ci l'aidait à créer une armée de clones.
Pour finaliser les points de cet accord décisif pour l'avenir de la galaxie, Dooku et Fett se rencontrèrent peu de temps après dans le château du comte. Même si Dooku et Fett avait déjà eu une connexion par le passé, les deux hommes ayant participé à la Bataille de Galidraan, le comte ne sut jamais ce qui arriva à Jango après sa capture par les Jedi et souhaitait l'apprendre de la bouche de l'intéressé en personne, l'apprenti de Sidious connaissant néanmoins une bonne part de la vie de Fett. Lorsque ce dernier arriva au château de Dooku et que les deux hommes entamèrent la discussion, le chasseur de primes n'avait pas confiance en son interlocuteur, sachant pertinemment qu'il avait été un Jedi. De plus Fett exigeait plus de concessions de la part du comte pour que le marché fût scellé.
Le comte refusa dans un premier temps, mais sentit bientôt quelque chose oppresser son corps. En fait, Jango avait infecté Dooku avec des spores porteuses de la peste de Karatos et disposait d'un antidote qu'il menaçait de détruire d'une simple pression sur un bouton si le comte ne lui accordait pas ce qu'il demandait. Avec Fett en position de force, Dooku dut concéder du terrain face au chasseur de primes en échange de l'antidote et de renseignements. Jango lui raconta alors ce qu'il avait vécu suite à sa capture sur Galidraan, comment il était devenu esclave avant de s'évader et de prendre sa revanche sur Tor Vizsla. Dooku recourut pendant ce temps aux pouvoirs de la Force pour guérir son mal, ce qui impressionna le chasseur de primes. En plus des émoluments considérables que Fett réclamait pour devenir le modèle des clones, Jango désirait également un clone non modifié, génétiquement pur, pour son usage personnel. Une fois ces derniers détails réglés, les deux hommes signèrent leur accord d'une poignée de main, la création de l'armée de clones pouvant désormais débuter.
Dans l'intervalle qui sépara la Crise de Naboo du début de la Guerre des Clones, Dooku fut une éminence grise se cachant derrière des événements politiques plus importants. Par exemple, sur Ryloth, le comte soutint le Twi'lek en exil Kh'aris Fenn, dans l'espoir que, sous sa direction la planète, Ryloth se séparât de la République. Pour ce faire, l'héritier du Clan Secura, Nat Secura, fut enlevé par des Morgukai. Maître Tholme fut capturé par les guerriers alors qu'il avait embarqué sur leur vaisseau pour récupérer Nat. Dooku cependant intervint, soumettant un judicieux conseil à Fenn, pour épargner le Jedi qui pourrait s'avérer utile ultérieurement. Ainsi, Tholme, même s'il ne le savait pas, dut la vie au Seigneur Sith. Cependant, le plans de Kh'aris Fenn pour tenter de s'emparer du pouvoir sur Ryloth fut mis en déroute par les actions combinées de Tholme, Quinlan Vos et Aayla Secura qui récupérèrent Nat Secura pour le ramener à son père. Cependant, même si le Morgukai du nom de Tsyr fut tué au cours de cette mission, son fils Bok parvint à survivre à sa confrontation avec Aayla Secura – avec un bras en moins – et retourna auprès de Dooku. D'ailleurs, les Jedi ne se doutaient pas de l'implication du Comte Dooku dans toute cette histoire. Par la suite, Dooku participa à un assaut mené par la Fédération du Commerce sur Kashyyyk. Aucun Wookiee ne survécut à la confrontation, en conséquence de quoi la présence de Dooku lors de cet événement ne put être attestée et parvenir aux oreilles des hautes instances de la République.
Au fil des années passées au service de Sidious, alias Palpatine, Dooku et son maître Sith consacrèrent énormément de temps aux préparatifs de la guerre future qui déstabiliserait la République. Décidant de recourir aux armées droïdes de différentes guildes et corporations commerciales galactiques pour constituer une force militaire antagoniste capable de défier le gouvernement républicain, les deux Sith étaient également en quête de généraux pour mener ces troupes mécanisées, et le destin fit qu'ils s'intéressèrent de près à un leader Kaleesh du nom de Qymaen jay Sheelal, le futur Général Grievous. Sidious ordonna dès lors à son apprenti Dooku d'embrigader le Kaleesh pour qu'il commandât les légions droïdes. Pour ce faire, Dooku travailla avec San Hill, chef du Clan Bancaire Intergalactique, et Poggle le Bref afin de transformer Grievous en machine à tuer implacable. Ils s'arrangèrent pour qu'une bombe ionique fût placée sur la carlingue de la navette du Kaleesh. Une fois le dispositif déclenché, l'engin du général Kaleesh s'abîma en mer et explosa, Sheelal s'éjectant au moment de l'explosion. Quand Dooku, enveloppé dans un manteau de bure, atteignit le site du crash, le général Kaleesh était à l'article de la mort. Après avoir récupéré son cobaye, Dooku infligea un choc cardiaque à Grievous afin de le maintenir en vie le temps d'être acheminé jusqu'à Géonosis où le Kaleesh serait reconstruit.
Alors que le futur général séparatiste était envoyé sur le monde des Géonosiens, Dooku retourna sur Serenno afin de collecter un élément indispensable à la phase suivante du projet visant à créer le général droïde parfait : le sang de Sifo-Dyas, dont Dooku avait préservé la dépouille dans un caisson. Une fois le sarcophage translucide contenant feu Maître Sifo-Dyas acheminé par le comte sur Géonosis, le sang du Jedi défunt fut transfusé au général lors de sa reconstruction dans une tentative, hélas infructueuse, de transplantation de midi-chloriens afin de créer un cyborg doué dans la Force. Même si le résultat ne fut pas au rendez-vous, le sang de Sifo-Dyas permit à Grievous de survivre. Une fois son général entraîné aux arts Jedi du combat, Dooku fit part de sa satisfaction à son maître Sidious. En effet, il ne subsistait pratiquement rien de l'ancienne personnalité du Kaleesh, hormis une haine inextinguible qui réjouissait les deux Sith. Désormais, l'armée de la Confédération des Systèmes Indépendants avait à sa disposition un cyborg tueur de Jedi.
Alors que le plan ourdi par les Sith arrivait à maturité, le temps était venu de créer de profondes divisions au sein du gouvernement de la République, divisions qui ne manqueraient pas d'aboutir à un conflit sanglant. Pour cette raison, Dooku revint sur le devant de la scène galactique en l'an -24 sur la planète Raxus Prime. Depuis ce monde, Dooku prononça un discours qui critiquait ouvertement la République, en l'occurrence sa décadence patente, son hypocrisie et sa corruption, sans compter qu'il en profita pour fustiger l'Ordre Jedi, soi-disant complice de tout ceci. Ainsi, Dooku appela publiquement des systèmes solaires entiers à faire sécession pour rejoindre le mouvement séparatiste. Et le moins que l'on pût dire, c'était que ce sentiment de mécontentement à l'égard du gouvernement républicain était partagé et les graines de la discorde embrasèrent bientôt la galaxie, des planètes entrant même en état de résistance contre la République. Les discours effectués au nom du comte en vinrent à saturer les réseaux de communications, si bien qu'une bonne part des propos à contenu séditieux ne pouvait être directement attribuée au nouveau leader séparatiste. Par ailleurs, l'apprenti de Sidious disposait d'une base d'opérations mobile, ce qui le rendait difficile à localiser pour les autorités.
Alors que sa notoriété grandissait, Dooku devint une figure politique très controversée. On sait qu'une prime illégale fut placée sur sa tête, mais aussi que plusieurs best-sellers furent écrits à propos de son irrésistible ascension qui le mena à se mêler des affaires galactiques. Alors que la crise menaçait à tout moment de dégénérer en conflit armé, l'idée de la création d'une armée de la République pour contrer une éventuelle attaque des Séparatistes commença à germer dans l'esprit des Républicains. De son côté, Dark Sidious, sous l'apparence bienveillante du Chancelier Palpatine, lança un appel à des négociations de paix avec les Séparatistes sur Bothawui, chose que Dooku refusa tout naturellement puisque le but était de pousser les Républicains à se doter de leur propre armée afin de déclencher un conflit aux proportions galactiques. Cependant, même devant l'évidence, les Jedi refusaient de croire qu'un homme comme Dooku, qui fut un Jedi, pût en venir à des actes de violence.
Pendant la durée de la Crise Séparatiste, le Comte Dooku rechercha secrètement des alliés destinés à servir ses manigances futures. En cela, les chantiers navals de la planète Fondor s'avérèrent cruciaux pour le plan des Seigneurs Sith, mais trois intrigants menaient leur propre complot de leur côté : Groodo le Hutt, le sénateur Rodd de Fondor et Hurlo Holowan voulaient faire s'écraser un vaisseau dans le chantier naval, anéantissant de ce fait leur production. Ces manigances arrivèrent aux oreilles du comte et de Wat Tambor, chef du Techno-Syndicat, et Dooku envoya Jango Fett capturer les trois comploteurs vivants, tandis que Tambor loua de son côté les services de Cradossk pour tout simplement les tuer. Dooku réussit à convaincre Tambor d'annuler la prime que le Skakoan avait placée sur le trio des comploteurs, qui furent ramenés vivants par Fett. Dooku leur offrit l'opportunité de travailler pour lui en échange de leurs vies, proposition que les trois intrigants ne pouvaient refuser.
Toujours durant cette période de crise, Dooku recruta la scientifique Jenna Zan Arbor et tenta de faire de même avec le fils de Xanatos, Granta Omega. Malheureusement, Omega fut tué avant de pouvoir entrer au service de Dooku. Répandant toujours les flammes de la dissension dans une galaxie divisée, le comte voulut faire basculer la planète Ansion du côté des Séparatistes, monde qui se trouvait au centre d'un réseau d'alliances mineures. Si cette planète venait à rallier les Séparatistes, plusieurs autres planètes la suivraient automatiquement. Mais le plan échoua grâce à l'intervention des Jedi Luminara Unduli, Obi-Wan Kenobi et de leurs Padawans Barriss Offee et Anakin Skywalker. Néanmoins, cet échec avec Ansion ne menaçait nullement la mise en œuvre du grand dessein préparé par les Sith.
III. L'Attaque des Clones
Alors que les préparatifs de guerre allaient bon train et que les fonderies droïdes, notamment celles de Géonosis, assemblaient à la chaîne des milliers d'automates de combat, Dooku dut se montrer parfois conciliant avec des alliés plus réticents que d'autres comme par exemple Nute Gunray. En effet, le vice-roi de la Fédération du Commerce, en échange de l'engagement des ressources de son organisation mercantile au profit des Séparatistes, avait exigé en retour l'assassinat pur et simple de la sénatrice Amidala, contre laquelle le Neimoidien avait une rancune tenace en raison de l'humiliation cuisante qu'il avait subie dix ans plus tôt sur Naboo. Ne pouvant se permettre de se passer des légions de droïdes de combat B1, qui constitueraient l'épine dorsale de l'Armée Droïde Séparatiste, Dooku accepta et le chasseur de primes Jango Fett fut requis pour régler les détails de cette affaire de manière expéditive. Le Mandalorien lui-même fit appel aux services d'une associée, Zam Wesell, mais les deux tentatives d'assassinat contre Amidala furent contrariée, dont une par les Jedi.
Kenobi remonta la piste de Fett jusque sur Kamino, où il découvrit l'Armée Clone, puis sur Géonosis, où le Maître Jedi réussit à épier une réunion entre les principaux leaders séparatistes sur Géonosis, réunion visant à établir officiellement la Confédération des Systèmes Indépendants en tant qu'entité politique autonome. Pour l'occasion, Dooku avait réuni les présidents et directeurs des principaux cartels commerciaux, ainsi que quelques sénateurs, certains étant des alliés de longue date du comte comme Shu Mai de la Guilde du Commerce. Alors que le traité était ratifié, Kenobi tenta de transmettre cette information capitale aux instances républicaines et Jedi mais fut interrompu dans sa transmission par l'irruption de droïdes venus l'arrêter. Obi-Wan accusé d'espionnage et emprisonné, le Comte Dooku prit l'initiative d'interroger personnellement l'ancien Padawan de Qui-Gon Jinn et, peut-être, le rallier à sa cause. D'entrée, Dooku ayant à peine franchi le seuil de la cellule où Kenobi était maintenu flottant dans un champ de confinement, Obi-Wan le qualifia de traître. Faisant mine d'être bienveillant, Dooku affirma à son interlocuteur qu'il s'agissait d'une épouvantable erreur.
En interrogeant Kenobi sur la raison de sa présence sur Géonosis, le Comte Dooku tenta de sonder les points faibles d'Obi-Wan à travers ses souvenirs, notamment celui de la perte tragique de Qui-Gon Jinn. Cherchant à insinuer le doute dans l'esprit d'Obi-Wan, Dooku rappela à ce dernier que si Qui-Gon n'ignorait rien de la corruption du Sénat, jamais il n'aurait toléré une telle décrépitude des institutions et aurait rejoint Dooku dans son combat s'il avait connu la vérité, à savoir que la République était désormais sous le contrôle d'un Seigneur Noir des Sith nommé Dark Sidious. Dans un dernier appel, s'attaquant aux principes de Jedi que Kenobi défendaient, le comte voulut le convaincre d'unir leurs forces pour anéantir les Sith. Mais, loin de faire basculer le Maître Jedi du Côté Obscur en voulant l'impressionner avec la révélation d'une telle menace, Kenobi resta fidèle à sa réputation d'incorruptible et rejeta l'offre de Dooku. Déçu, Dooku quitta son invité et ajouta qu'il serait difficile de le relâcher. Par ailleurs, la transmission de Kenobi à destination de Coruscant fut également visionnée par Anakin Skywalker et Padmé Amidala, tous deux se trouvant sur Tatooine et ayant la ferme intention de libérer Obi-Wan, sans grand succès hélas car les deux jeunes gens furent faits prisonniers dans les fonderies droïdes de Géonosis.
Les deux captifs amenés devant le Comte Dooku, celui-ci leur promit d'être cléments s'ils rejoignaient la cause séparatiste, offre qu'Amidala refusa. Au terme d'un simulacre de procès, le Padawan et la sénatrice furent condamnés à morts dans l'arène Petranaki en même temps que Kenobi. Depuis la loge principale surplombant l'arène, Dooku, en compagnie de ses alliés et de l'Archiduc Poggle le Bref, put admirer le spectacle des bêtes – un acklay, un reek et un nexu – lâchées pour se jeter sur leurs proies attachées à des piliers d'exécution. Mais le processus ne se déroula pas comme prévu puisque les prisonniers se libérèrent de leurs chaînes et parvinrent à utiliser le reek comme monture, ce qui attisa la fureur de Gunray. Dooku lui assura qu'il ne s'agissait que d'un léger retard et que la sénatrice et ses compagnons mourraient incessamment sous peu. Mais le Seigneur Sith s'était avancé trop vite dans ses propos, puisque Mace Windu fit irruption dans la loge à ciel ouvert et plaça son sabre laser au niveau de la gorge de Jango Fett également présent.
Loin de profiter de l'avantage de la surprise pour éliminer Dooku une bonne fois pour toutes, Windu s'entretint avec l'ancien Jedi, le sommant d'arrêter tout, et ce alors que les autres Jedi emmenés par Windu brandissaient leurs sabres au milieu des gradins, faisant déguerpir les Géonosiens. Dooku félicita son interlocuteur pour ce baroud d'honneur et ne manqua pas de préciser que même ces 200 Jedi ne seraient pas suffisants pour contrer les légions de droïdes de combat séparatistes. Sur ce, des super droïdes de combat entrèrent en jeu, surprenant le Jedi au sabre mauve, et l'intervention du lance-flammes de Fett obligea Windu à quitter le balcon pour aller se battre sur le sol sablonneux de l'arène, à l'instar de ses pairs Jedi. Se doutant qu'un impondérable de dernière minute se présenterait, surtout avec deux Jedi et une sénatrice retenus en détention, Dooku avait anticipé l'arrivée du corps expéditionnaire Jedi en mobilisant des milliers de droïdes et un contingent important de Géonosiens. Dooku ne participa pas personnellement à la bataille, mais se contenta de regarder les Jedi se faire submerger et décimer progressivement par sa toute nouvelle armée de droïdes. Le Jedi Coleman Trebor tenta bien d'assaillir le comte en sautant sur le balcon, mais en fut empêché par Jango Fett qui le tua et le précipita en contrebas de plusieurs salves de son blaster. Fett fut lui-même tué peu de temps après alors qu'il voulait se mesurer à Mace Windu, qui décapita le chasseur de primes sous les yeux de Dooku, mais surtout du jeune Boba Fett.
Alors que le nombre de Jedi se réduisait à peau de chagrin, Dooku intima l'ordre aux droïdes de cesser le feu, appelant Windu et les survivants à capituler. Mais le Maître Jedi et les siens refusaient de se laisser prendre en otage pour faire l'objet d'un quelconque marchandage. Devant un refus aussi péremptoire, Dooku fit signe aux droïdes pour qu'ils se préparassent à achever les survivants, qui ne durent la vie sauve qu'à l'intervention surprise de Yoda et de l'Armée Clone, que Dooku avait contribuée à créer et qui était intervenue à point nommé comme les Sith l'avaient prévu. Le sauvetage des survivants n'était toutefois que la partie émergée de l'iceberg, puisque qu'une invasion à grande échelle de Géonosis était en cours, la Grande Armée de la République, les Jedi à sa tête, menant des percées sur plusieurs fronts dans les plaines désertiques proches de l'arène. Dooku et les leaders séparatistes se regroupant à leur centre de commandement, le Sith feignit ne pas savoir comment la République avait pu constituer une armée en un laps de temps aussi bref. L'effet de surprise ayant joué en faveur des Républicains, et pour éviter trop de pertes matérielles en vaisseaux et en droïdes, la retraite fut sonnée. Les guerriers de Poggle le Bref iraient se terrer dans les catacombes, puis l'Archiduc remit les plans de l'Arme Ultime à Dooku, qui les emmènerait à l'abri sur Coruscant auprès de Sidious. Cette arme absolue n'était autre que la future et mortelle Étoile de la Mort.
Enfourchant son speeder Flitknot et escorté par deux chasseurs géonosiens Nantex, Dooku traversa les plaines arides séparant la base séparatiste du hangar où son voilier personnel était stationné, à environ quarante kilomètres au nord-ouest de l'arène Petranaki. Sa fuite fut repérée par Kenobi et Skywalker, qui le prirent en chasse faute de munitions à bord de leur canonnière TIO/BA. Alors que Dooku avait atteint le hangar et se préparait à embarquer, les deux Jedi arrivèrent à temps pour lui interdire le passage. Laissant ses émotions et son impulsivité le guider, Anakin fonça tête baissée vers le comte, pensant pouvoir le dominer seul. Stoïque, il ne fallut à Dooku que quelques décharges d'éclairs de Force et une manœuvre de télékinésie pour assommer Skywalker contre un mur, le Sith se retrouvant avec Kenobi pour seul adversaire. Même si parer les éclairs de Force de Dooku en se servant de son sabre laser fut aisé pour Obi-Wan, croiser le fer avec un homme passé maître dans l'art du duel au sabre comme Dooku l'était moins. Jouant avec son opposant Jedi, le Sith se moqua de la médiocrité des dons de bretteur d'Obi-Wan, la dextérité du comte étant telle qu'il parvint à franchir par surprise la défense de Kenobi et à le blesser au bras et à la cuisse.
Obi-Wan à terre, Dooku éleva sa lame écarlate pour porter le coup de grâce au Maître Jedi, mais son sabre fut arrêté par celui de Skywalker, revenu à lui. Kenobi étant incapable de poursuivre la lutte, il invoqua la Force pour récupérer son sabre laser et le lancer à Skywalker, qui attaqua le comte en faisant danser ses deux lames dans un tourbillon d'énergie. Initialement surpris par l'assaut de Skywalker, Dooku ajusta ses coups et ses tactiques de combat pour forcer Anakin à reculer, détruisant du même coup l'un de ses sabres pour rééquilibrer le duel. Les deux ennemis se fixant dans le blanc des yeux, les parades et les attaques s'intensifièrent au point que les lames frôlaient parfois les deux duellistes, mais Dooku, expert dans le Makashi, profita d'une ouverture et amputa le bras droit d'Anakin avant de l'envoyer d'une poussée de Force rejoindre son maître au sol. Victorieux, le comte n'eut cependant qu'un court répit avant qu'un autre combattant entrât dans le jeu : Yoda. N'ayant pas de temps à perdre, Dooku utilisa la télékinésie pour projeter des éléments de la machinerie du hangar et des débris de rochers provenant du plafond sur le petit Maître Jedi, qui les repoussa sans difficulté. Sûr que le Côté Obscur lui conférait davantage de pouvoirs que tous les Jedi, Dooku usa des éclairs de Force contre le vénérable Yoda qui en dévia, puis en absorba, à la grande consternation du Sith.
De toute évidence, cette querelle ne se règlerait que d'une seule manière : le sabre laser à la main. Activant à nouveau son arme, Dooku sauta pour se porter à la hauteur de son ancien instructeur au sabre laser. La férocité du duel mettait les talents des deux bretteurs à l'épreuve, d'autant que la cible de Dooku possédait une taille réduite par rapport à un humain, Yoda virevoltant et faisant montre d'une agilité qui finit par faire reculer Dooku, surpassé. Ayant présumé de ses capacités, Dooku savait que sa seule alternative pour échapper aux Républicains était d'utiliser la compassion de Yoda contre lui : le Sith fit s'effondrer une colonne d'alimentation sur Kenobi et Skywalker, poussant le Grand Maître Jedi à se désengager du duel et à porter secours à ses semblables. La distraction fut suffisante pour que Dooku pût prendre la poudre d'escampette à bord de son voilier solaire. Le trajet du leader des Séparatistes le conduisit jusque sur Coruscant, dans la zone désaffectée des Usines où il retrouva Dark Sidious. Ce dernier le félicita pour avoir réussi sa mission avec brio, à savoir que la guerre avait enfin débuté conformément à leurs plans.
IV. La Guerre des Clones
Sitôt après avoir rapporté à son maître les conséquences de la Bataille de Géonosis et le début des hostilités, Dooku fit route vers sa base secrète située sur Bakura afin de regrouper les forces confédérées accusant encore le coup de l'attaque surprise de la République sur Géonosis. Mais une fois sur place, Dooku fut accueilli par deux visiteurs importuns : Maître Tholme et Sora Bulq, qui avaient anticipé les mouvements du comte pour lui tendre une embuscade sur Bakura. Déployant sa maîtrise dans le Makashi, le leader séparatiste engagea ses deux anciens confrères dans un duel épique, et proposa même à Tholme et Bulq de se rallier à lui. Face au refus du Jedi Weequay, Dooku répondit par une vague d'éclairs de Force qui neutralisèrent Bulq. Tentant d'attirer ensuite Tholme de son côté, Dooku se montra assez habile pour blesser le Maître Jedi, notamment à l'épaule et en l'énucléant. Même à la merci du comte, Tholme resta fidèle à ses principes et Dooku fit s'écrouler des pierres qui allèrent broyer partiellement le corps déjà meurtri de Tholme, qui néanmoins survécut à cette confrontation.
Pour ce qui fut de Bulq, toujours inconscient, Dooku le fit léviter et emmena le Weequay, soignant ses blessures et parvenant à le convertir au Côté Obscur à travers son don de persuasion inné. Avec Sora Bulq devenu loyal au Comte Dooku, le Weequay fut un apport non négligeable pour la Confédération des Systèmes Indépendants pendant la guerre. Et le premier ordre que Dooku donna à son nouveau Jedi Noir fut de porter secours à Tholme, qui avait patiemment réussi, sans doute au prix d'efforts de volonté conséquents, à dégager les débris rocailleux. Ainsi, Sora Bulq pourrait agir en tant qu'agent double au sein du Temple Jedi, revenant en héros avec Tholme sans que les Jedi eussent le moindre soupçon.
La Guerre des Clones venait à peine de débuter que Dooku était déjà craint à travers toute la galaxie, non seulement en tant que chef charismatique des Séparatistes, mais aussi, sous le nom de Dark Tyranus, en tant que Seigneur Sith. Et l'une des premières campagnes à grande échelle que Dooku visait à mettre en œuvre comprenait l'utilisation de machines de guerre appelées les Decimators. Ces derniers étaient à l'origine destinés à la République, mais ils furent volés par l'un des meilleurs généraux de Dooku, Sev'rance Tann, afin de faire pencher la balance en faveur des Séparatistes. Tann avait également mis la main sur les codes d'activation de ces machines de guerre lors d'un assaut mené sur Alaris Prime, une des lunes de Kashyyyk. Fort de ces succès, Dooku lui ordonna de conquérir le monde de Sarapin, chose que Tann fit mais elle ne parvint pas à garder ce monde très longtemps. Par la suite, Tann fut tuée sur Krant et les Decimators finirent par être détruits, ramenant l'équilibre entre le camp de Dooku et celui de la République.
L'une des autres campagnes où le Comte Dooku voulut recourir à la technologie d'une arme monstrueuse fut celle qui impliquait la remise en activation de la Faucheuse Noire, une arme de destruction massive inventée et utilisée par les Sith au cours de la Grande Guerre des Sith. La source d'énergie de cette arme abominable était un artefact nommé le Moissonneur de Force, qui avait été enterré sur Raxus Prime. Cet artefact avait la particularité de vampiriser la force vitale des gens, si bien qu'aucune armée ne pouvait s'approcher de la Faucheuse Noire sans payer un lourd tribut, et la puissance ainsi accumulée servait à la Faucheuse à créer des tempêtes à la surface des planètes, ce qui en faisait l'arme idoine pour balayer les armées de clones. De fait, Dooku se rendit sur Raxus Prime et supervisa le chantier d'excavation visant à déterrer le Moissonneur. Par ailleurs, le comte avait placé une prime sur Boba Fett pour qu'il lui fût ramené vivant, le fils de Jango ayant survécu aux événements de Géonosis. Ce fut Aurra Sing qui amena le garçon à Dooku sur Raxus Prime. Dooku offrit un abri au jeune Fett et lui indiqua qu'il prendrait, du moins pendant un temps, la responsabilité de son éducation.
Toutefois, malgré les règles que Dooku avait imposées au fils de Jango pour qu'il restât, la curiosité de ce dernier, ainsi que son tempérament déjà volontaire, firent qu'il ignora les interdits du comte et enquêta sur l'excavation en cours. Irrité de cela, et probablement par le fait que Boba pourrait le menacer en révélant sa double identité, Dooku ordonna que le jeune chasseur de primes fût éliminé. Toutefois, en raison d'une attaque imminente des Jedi, qui avaient repéré les activités suspectes des Séparatistes sur Raxus Prime et préparaient un assaut contre le site d'excavation, le Comte Dooku confia cette basse besogne à son nouveau garde du corps, Cydon Prax. Mais Fett parvint à s'échapper. Heureusement, malgré un délai raccourci avec les Jedi qui menaçaient d'arriver bientôt, le Moissonneur de Force fut retrouvé et mis en sécurité à bord d'un croiseur alors qu'Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi lançait leur offensive avec leur bataillon de clones et de RT-TT pour submerger les défenses de l'avant-poste séparatiste. Apercevant Dooku tirant sa révérence au moment de l'arrivée des Républicains sur le site, Skywalker poursuivit le comte pour le confronter dans la soute de chargement du croiseur séparatiste. Que cela fût délibéré ou non, Dooku était curieux de voir quel effet le Moissonneur de Force aurait sur un Jedi, et Skywalker fut désigné pour servir de cobaye : avec l'aide de Cydon Prax, Dooku neutralisa Anakin et le fit enfermer avec les autres prisonniers pour être emmené sur le lieu d'expérimentation du Moissonneur, Alaris Prime.
Néanmoins, Dooku avait sous-estimé la volonté de survie de son jeune ennemi, qui brisa les barreaux de la cellule du camp de détention où il se trouvait, récupéra son sabre laser, libéra les prisonniers Wookiees – également présents pour le test du Moissonneur – et déguerpit en quatrième vitesse en compagnie de la contrebandière Bera Kazan en utilisant des STAP qui emmenèrent Skywalker et sa camarade de cellule loin de la portée du Moissonneur de Force. Pris au dépourvu, d'autant que Skywalker avait rallié la résistance Wookiees d'Alaris Prime, luttant contre l'occupation séparatiste, et avait pu transmettre un signal de détresse à la République, Dooku profita de la confusion des combats pour s'éclipser avec l'artefact Sith, les morceaux de la Faucheuse Noire devant être rassemblés au plus vite. Dans l'intervalle, le comte déploya le Moissonneur sur Aargonar, Bakura et Dac, drainant l'énergie vitale d'une partie des habitants de ces planètes afin de charger le Moissonneur au maximum en vue de la remise en marche de la Faucheuse Noire. Avec tous les éléments rassemblés, Dooku mit le cap sur Thule, un ancien bastion Sith, plus précisément au sein de la ville de Kesiak, pour redonner vie à la sinistre machine des Sith.
Ce plan, apparemment parfait, fut contrarié quand une importante armée de clones attaqua Thule et que Skywalker, fort du savoir glané dans le tombeau d'Ulic Qel-Droma sur Rhen Var et concernant la neutralisation de la Faucheuse, réduisit le dispositif de Dooku à l'état de cendres et de pièces détachées, Cydon Prax ayant été également tué en tentant de s'opposer au Jedi. Comme à l'accoutumée, Dooku partit du champ de bataille. Cette série de victoire durant cette campagne et qui connut son apogée avec la destruction de la Faucheuse Noire servit la propagande républicaine, qui clamait haut et fort que la Confédération des Systèmes Indépendants était en déroute. De son côté, Dooku réfuta publiquement une telle assertion, soutenant que Raxus Prime et d'autres mondes sacrifiés n'étaient que des bases temporaires, et que les plus importantes planètes séparatistes demeuraient sous contrôle et préservée de toute incursion ennemie.
Toujours dans les premiers mois de la guerre, Dooku voyagea jusque sur le monde de Rattatak et se rendit dans une arène de gladiateurs appelée le Chaudron dans le but de trouver un nouveau serviteur, un qui serait dévoué à l'exécution de ses souhaits. Une fois débarqué, le comte fut salué par son hôte qui le pria de le suivre jusqu'à une loge surplombant l'arène, où de féroces duels de gladiateurs se déroulaient, afin que Dooku pût faire son choix. Admirant sans sourciller la brutalité ostentatoire dont faisaient montre les combattants du Chaudron, Dooku ressentit une perturbation dans la Force, témoignant de l'entrée en jeu d'une personne qui jouerait un rôle capital dans les plans futurs de Dooku : la Jedi Noire Asajj Ventress. Le plus silencieusement du monde, la guerrière était parvenue à assassiner le guide de Dooku et à prendre sa place sans la moindre fausse note et avant même que Dooku eût pu surprendre le meurtre de son guide, pourtant assis juste à côté de lui, ce qui l'impressionna au plus haut point. Toutefois, comme il le précisa à Ventress, le comte ne requérait nullement les services d'un maître espion. Sans perdre une minute, la Jedi Noire bondit au milieu de l'arène et lamina les autres concurrents les uns après les autres, aidée en cela de deux sabres laser, démontrant ses talents d'assassin et de guerrière.
Contenté par cette démonstration de force, Dooku applaudit une telle performance. Mais lorsque Ventress affirma qu'elle ne devait cette puissance qu'au seul fait d'être une Sith, Dooku se rit d'elle, sachant en qualité de Seigneur Sith qu'il s'agissait d'une revendication ardue dont très peu de personnes pouvaient se targuer. En conséquence de quoi, le chef séparatiste lévita pour descendre en douceur sur le sable de l'arène et parler entre quatre yeux à son interlocutrice : même si cette dernière possédait la tenue rituelle et le style de combat des Sith, Dooku allégua le fait qu'il ressentait énormément de crainte au tréfonds de l'âme de la Jedi Noire, chose que les Sith arrivaient à dépasser. Animée de colère suite à ce dénigrement, Asajj brandit ses deux sabres et attaqua Dooku, pensant qu'il ne s'agissait que d'un vieillard stupide qui n'était qu'un néophyte en ce qui concernait le Côté Obscur de la Force. Que cela fût intentionnel ou non, Dooku avait provoqué la fureur de la jeune femme et, loin d'être décontenancé par la situation et au lieu de perdre du temps en discours futiles, le comte prouva le contraire à Ventress, à savoir qu'il était un bien meilleur adepte du Côté Obscur qu'elle puisqu'il maîtrisait les éclairs de Force, qu'il déchaîna contre la Jedi Noire qui fut momentanément neutralisée par cette attaque.
Le Comte Dooku transporta ensuite Asajj Ventress dans une chambre et attendit son réveil pour la tester une nouvelle fois. Lorsqu'elle émergea enfin, Dooku l'attaqua subrepticement alors qu'elle explorait le lieu où elle se trouvait et engagea un duel où sa maestria de bretteur se montra à la hauteur face à une jeune femme hargneuse armée de deux sabres laser. Attisant la haine de son adversaire, Dooku enfonça le clou en affirmant que si elle était une vraie Sith, elle aurait déjà mis Dooku hors d'état de combattre. Ventress était certes talentueuse, distrayant Dooku pendant quelques secondes en faisant s'effondrer une sculpture sur lui, mas le comte avait de l'expérience et de la ressource, puisqu'il happa via la Force les deux sabres de Ventress, les détruisit d'un coup de sabre et envoya la Jedi Noire au loin, plaçant sa lame cramoisie sur sa gorge. Ventress reconnut sa défaite, mais Dooku lui épargna la vie, ayant d'autres projets pour elle. Dark Sidious, qui avait assisté à la violence du combat via son hologramme, fut présenté à la jeune femme par Dooku. Ventress, dont les talents au sabre laser étaient certains, fut chargée par le Seigneur Noir de traquer Anakin Skywalker et de l'éliminer. Aigrie et vindicative à l'égard de l'Ordre Jedi, Ventress serait l'outil idéal pour affronter Skywalker et, en guise de cadeau, Dooku lui remit deux nouveaux sabres laser, en fait ceux ayant appartenu à son ancienne apprentie Komari Vosa. Avec un tel assassin, Dooku était plutôt confiant dans le fait qu'elle donnerait beaucoup de fil à retordre à Skywalker, même si pour Sidious elle n'était qu'un vulgaire instrument devant servir ses plans. Ainsi, Ventress devint le nouveau commandant et acolyte de Dooku.
Dans le même temps, Dooku poursuivait sa campagne de sédition et utilisa à bon escient son influence pour inciter de nouveaux systèmes solaires à se rebeller contre le gouvernement républicain, créant parfois des dissensions au sein même des populations planétaires en jouant sur des rivalités ethniques séculaires. Toutefois, la victoire des Séparatistes n'était pas le but que poursuivait le comte, puisque ses objectifs secrets, travaillant de concert avec son Maître Sidious, étaient d'étendre le conflit, affaiblir les institutions de la République et clairsemer les rangs des Jedi. De fait, Dooku sabota volontairement certaines campagnes qui auraient pu devenir des victoires potentielles pour la Confédération des Systèmes Indépendants, comme cela fut le cas de la Bataille de Kamino qui survint trois mois après le début de la Guerre des Clones. Sidious et son apprenti Tyranus minèrent cette campagne pour la simple et bonne raisons que leur plan n'arriverait à maturité que si la guerre se prolongeait, or les Séparatistes planifiaient une attaque de grande envergure contre les fabriques de clones de Kamino pour mettre un terme rapide à ladite guerre, chose que les deux Sith ne désiraient pour rien au monde. Par ailleurs, cela rétablirait l'équilibre entre les deux belligérants et amènerait à un enlisement du conflit.
Le plan des Séparatistes entra en possession des Républicains sur la station de la Roue grâce aux Jedi Quinlan Vos et Aayla Secura, qui relayèrent l'information à leur camp et conformément au souhait de Dooku. L'agent du comte, Tookarti, informa son supérieur de la fuite de ces informations et le chef séparatiste ne s'en inquiéta pas plus que cela, ce qui provoqua l'incrédulité de Tookarti qui ne comprenait pas pourquoi le comte se mettait lui-même des bâtons dans les roues. Coupant court à la conversation, Dooku trancha en disant qu'il n'avait pas à chercher à comprendre, puisqu'en définitive Tyranus servait les desseins de son maître. La suite des événements se déroula sans impondérable, puisque la République put repousser l'invasion de Kamino, détruire nombre de ses vaisseaux et le Commandant Merai, un Mon Calamari idéaliste et brillant tacticien ayant planifié l'attaque, trouva la mort aux commandes de son propre chasseur. Malgré ces lourdes pertes, dont Merai que Dooku considérait comme un personnage utile, la conflagration galactique continuait d'embraser les millions de mondes habités au grand plaisir de Sidious. Ces personnes perdues, emportées dans le fracas de la guerre, n'étaient pas irremplaçables puisque Dooku veilla à s'entourer d'Acolytes Noirs nombreux et à l'utilité certaine.
Ces Acolytes Noirs étaient des utilisateurs de la Force, le plus souvent d'anciens Jedi désillusionnés et embrigadés par Dooku tels Tol Skorr et Kadrian Sey, ou des personnages plus obscurs comme Trenox et Saato. Dooku veilla à cultiver leurs talents, notamment au sabre laser, et les encouragea à recourir aux émotions négatives pour décupler leur force. Mais le comte prit soin de ne pas les initier aux secrets les mieux gardés des Sith, s'assurant ainsi de rester leur maître et respectant ainsi la Règle des Deux instaurée par Dark Bane, puisque ces Acolytes Noirs n'étaient rien de plus que des Jedi Noirs, les seuls vrais Sith étant Dooku et Sidious. De plus, pour suppléer ce cercle d'adeptes obscurs dévoués au comte, Dooku recruta des guerriers émérites comme le mercenaire Gen'Dai du nom de Durge, augmentant ainsi le potentiel offensif de la Confédération des Systèmes Indépendants. Enfin, l'Ordre Jedi lui-même s'avérait désuni contre les Séparatistes, certains refusant de revêtir le manteau de Général Jedi, d'autres se joignant au comte. Ainsi, Sora Bulq put exploiter l'ignorance des Jedi à propos de sa véritable allégeance à Dooku afin de créer un schisme au sein de la confrérie, convaincant les Jedi dissidents pour qu'ils se rassemblassent lors d'une rencontre sur son domaine familial sur Ruul, environ trois mois après Géonosis. Mais le complot ourdi par Bulq et autorisé par Dooku échoua car Mace Windu, également convié à la réunion, découvrit où allait la fidélité de Sora Bulq, éventant son subterfuge pour faire basculer les dissidents dans le camp adverse.
Mais l'une des préoccupations de Dooku était de trouver un général en chef pour toutes les armées droïdes. Car même si le comte et son maître avaient investi dans la reconstruction du corps mutilé de Grievous pour en faire un guerrier d'exception, le cyborg n'en était pour autant pas encore le leader incontesté des forces armées séparatistes. Au contraire, le général de confiance de Dooku au tout début de la guerre n'était autre que Sev'rance Tann, qui fut malheureusement tuée sur Krant à peine un mois après le début des hostilités, ce qui poussa Dooku à choisir un successeur, Grievous étant en bonne position pour assumer le commandement de l'Armée Droïde Séparatiste. Néanmoins, le comte voulait s'assurer des capacités du général droïde au cours d'un test qui se déroula sur la station spatiale Trenchant. Pour cela, il attira Asajj Ventress et Durge sur la station dans le but de les confronter à Grievous. Ce dernier s'avéra un défi des plus difficiles à relever pour la Jedi Noire et le Gen'Dai, puisque le cyborg leur infligea de sévères blessures alors que Dooku put admirer le spectacle depuis ses moniteurs de contrôle. Pour récompenser Grievous, Dooku lui offrit le commandement de l'armée confédérée, lui rappelant au passage qu'il était néanmoins son subordonné. Maintenant, la Confédération des Systèmes Indépendants aurait un général pour le reste de la guerre.
Continuant d'opérer son travail de sape, Dooku dépêcha par exemple Durge sur Muunilinst en vue de repousser un assaut de la République et mit le feu aux poudres sur de nombreuses zones de tension au sein d'une galaxie à couteaux tirés, comme par exemple en poussant la Ligue d'Isolation Quarren à entrer en guerre contre les paisibles Mon Calamari. Toujours vers la même époque, dans le but de miner le moral des Jedi, le comte déploya des unités de droïdes caméléons sur la glaciale Ilum en vue d'une frappe contre la source des cristaux de sabres laser des Jedi. Comme put le constater Yoda à cette occasion, le Grand Maître ayant affronté ces droïdes occultés sur Ilum, la perfidie du Comte Dooku ne le faisait reculer devant rien. En témoignait par exemple l'intérêt que porta le leader séparatiste pour une arme baptisée l'Éliminateur de Planètes, Dooku ayant été convié à assister au test préliminaire afin de vérifier si le dispositif s'avèrerait plus utile aux Sith que leur projet d'Arme Ultime. Hélas, en raison de l'intervention de Mace Windu, l'appareil fut neutralisé avant son déclenchement, au grand dam de son concepteur, qui subit le courroux de Dooku qui n'appréciait pas qu'on lui fît perdre son temps en plus de tenter de lui vendre un engin défectueux. Sans autre forme de procès, Dooku fit emmener le concepteur de l'Éliminateur de Planètes, les plans des Sith devant rester concentrés sur leur propre arme de destruction planétaire.
Entre-temps, Dooku poursuivait son œuvre de division de la galaxie et convia les principaux leaders de plusieurs mondes stratégiques du Secteur Vorc, incluant notamment Jonction V, à une rencontre sur la planète Null, parmi lesquels figurait Lorian Nod, l'ancien camarade de promotion et némésis de Dooku. Le but de cette réunion était de convaincre les dirigeants de ces planètes de soutenir l'effort des Séparatistes en s'engageant à leurs côtés. Avec un tel renfort de planètes, Dooku et son camp disposeraient d'une assise solide dans la Bordure Médiane. Cependant, suite à un séjour carcéral, Nod avait changé et avait contacté les Jedi pour savoir ce que Dooku manigançait. Kenobi et Skywalker enquêtèrent et découvrirent que Dooku avait engagé un tueur pour éliminer Samish Kash, un des leaders conviés et qui avait des réticences quant à la généreuse proposition faite par le comte. Par ailleurs, la réunion se solda par un échec puisque les dirigeants des planètes concernées refusèrent de se joindre aux Séparatistes, ce qui déplut au Comte Dooku qui, en réponse, lâcha des droïdes de combat contre les dignitaires. Par chance, Obi-Wan et Anakin prémunirent les dirigeants contre cette attaque juste à temps. Contrarié dans ses plans, Dooku quitta la scène de cette échauffourée, Nod sur ses talons pour tenter de l'arrêter. La confrontation se solda par la mort de Lorian Nod, que Dooku tua personnellement avant de quitter Null. Ainsi, ces événements démontraient bien que rien n'était fixe dans le temps, qu'un grand homme comme Dooku pouvait se fourvoyer alors qu'un homme ayant commis des fautes par le passé pouvait recevoir l'absolution en vertu d'actes charitables susceptibles de le racheter.
D'une plus grande subtilité que ne voulaient le croire ses adversaires, Dooku n'utilisait pas exclusivement la coercition et l'intimidation pour parvenir à ses fins. La compassion également pouvait s'avérer une arme redoutable entre les mains du Seigneur Sith, comme cela fut le cas lorsque les forces de Dooku abordèrent un transport Acclamator, environ sept mois et demi après la Bataille de Géonosis, près de Drongar, à bord duquel se trouvaient les Jedi Sian Jeisel, Kai Justiss et Tsui Choi. Au lieu d'ordonner l'exécution du trio de Jedi, Dooku les relâcha, clamant que tous les Jedi étaient ses frères et sœurs et s'assurant qu'une navette les reconduisît en territoire neutre. Surpris par cet accès de clémence, Sora Bulq questionna son maître en privé, qui lui expliqua qu'il ne s'agissait que d'un moyen pour semer le doute dans les rangs des Jedi et, qui sait, amener de nouveaux transfuges dans le camp séparatiste. Ce fut vers cette époque que le Conseil Jedi décida d'utiliser Quinlan Vos afin d'infiltrer le cercle restreint des proches de Dooku pour apprendre ses secrets.
Cette infiltration était un pari risqué, Dooku étant quelqu'un de très perspicace, mais aussi parce que Vos avait déjà flirté avec le Côté Obscur en raison de sa mémoire altérée. Aussi les Jedi usèrent-ils des moyens nécessaires afin d'établir le fait que Quinlan Vos était devenu un renégat. Seuls quelques Jedi connaissaient la teneur de la mission de Vos, les autres Jedi ne pouvant que croire à la rumeur et ce pour ne pas compromettre l'intégrité de cette mission. Dooku était bien conscient du passé du Kiffar qui le rendait sensible à l'appel des ténèbres, et le comte décida de l'utiliser pour son propre compte. Lorsque Quinlan Vos fut admis au quartier général du leader séparatiste, ce dernier attendait son visiteur de pied ferme dans sa base d'Antar 4, le Kiffar devant néanmoins se mesurer à la garde personnelle de Dooku, composée des Jedi Noirs Tol Skorr et Kadrian Sey. Une fois ce test préliminaire réussit, Vos fut introduit auprès de Dooku qui, sans plus attendre, voulut mesurer les talents de son nouvel acolyte au sabre laser.
Engageant le Kiffar personnellement, Dooku trouva son style déplorable, imputant la faute au Conseil Jedi qui avait laissé les techniques de duel se détériorer à un point tel que seuls de rares Jedi pouvaient se targuer du titre de maître épéiste. Malgré les exhortations de Bulq qui encourageait Quinlan à recourir au Vaapad et donc au Côté Obscur, Dooku savait que le Kiffar ne déchaînait pas la pleine puissance de sa rage, qu'il en avait peur comme tous les Jedi, dont la décadence n'était égalée, selon ses dires, que par la parodie de gouvernement qu'était devenue la République. En fustigeant le gouvernement et le Conseil Jedi, seuls responsables de la mort de Qui-Gon Jinn en l'impliquant dans les mailles du filet politicien selon lui, Dooku parvint à éveiller une première fois la part ténébreuse sommeillant dans le cœur du Kiffar qui attaqua le comte, qui para l'attaque à temps et mit un terme au combat d'une poussée de Force. Parfaitement satisfait, Dooku accepta Quinlan Vos à ses côtés, et les deux hommes et les mignons de Dooku partirent pour la planète Tibrin, pour libérer son peuple du joug de la République et de son dirigeant Suribran Tu.
Suribran Tu était un dictateur notoire haït par son propre peuple et le dirigeant Ishi Tib offrit de se rallier de son plein gré à Dooku et de gouverner la planète au nom de la Confédération des Systèmes Indépendants. Avant de donner sa réponse, Dooku sollicita les avis de Kadrian Sey et de Quinlan Vos : selon Sey, maintenir Tu au pouvoir serait un bon moyen d'assurer une continuité dans l'administration et de reporter l'attention du comte ailleurs, mais Vos s'y opposa vertement en affirmant qu'accepter son offre reviendrait à signifier que les Séparatistes ne valaient pas mieux que la République, d'autant que Suribran Tu n'était pas fiable. Se ralliant à l'opinion de Vos, Dooku trancha littéralement dans le vif du sujet en décapitant le dirigeant Ishi Tib. Par ailleurs, le comte donna ses ordres pour que le cadavre encore chaud de Tu fût exposé à la vue de la populace, que l'on procédât à une purge de l'entourage immédiat du dirigeant défunt et que Bulq s'assurât du contrôle du gouvernement local le temps que quelqu'un d'autre fût élu. Par cet acte, Dooku fut acclamé comme un libérateur, Vos se trouvant à ses côtés à ce moment-là. Le Kiffar se vit d'ailleurs confier une nouvelle tâche : tuer le sénateur Zurros, un Falleen s'étant attirer le courroux du comte, profitant de sa situation pour se remplir les poches en causant quelques désagréments à la Confédération des Systèmes Indépendants.
Dans l'intervalle, Dooku et ses suivants avaient mis le grappin sur la Jedi Shylar, capturée alors qu'elle avait essayé de pénétrer dans le quartier général du Seigneur Sith. Dirigeant l'interrogatoire en compagnie de Skorr et Sey, Dooku tenta de faire fléchir la volonté de Shylar, le comte connaissant bien les astuces mentales pour résister à la douleur et sachant comment les contourner. Ce fut alors que Vos revint de sa mission sur la Roue où il devait se charger de Zurros. Mais au lieu de rapporter la tête du Falleen, Vos n'apporta que sa chevelure et un hologramme dans lequel Zurros, intimidé, se montrait plus docile et prêt à faire tout ce que le Comte Dooku ordonnerait. Même si Vos avait désobéi aux ordres, Dooku accepta cependant son interprétation créative des directives données. Puis, avant de poursuivre la séance de torture sur Maître Shylar, Dooku informa le Kiffar qu'ils partiraient tous le lendemain matin pour Kiffu afin de convaincre la Sheyf Tinté Vos de laisser les Séparatistes implanter une base sur la planète pénitentiaire de Kiffex.
Le jour suivant, Dooku et ses Acolytes Noirs se rendirent sur le monde natal de Quinlan et furent présentés à Tinté Vos. Depuis un moment déjà, Dooku tentait, sans résultat, de convaincre la Sheyf du bénéfice mutuelle qu'elle et les Séparatistes retireraient d'un accord. Comme il le réitéra ce jour-là, Dooku se doutait bien qu'une collaboration était pour l'heure improbable, le comte quémandant une simple autorisation pour l'implantation d'une base sur la planète carcérale. Mais toujours avide de pouvoir et tenant à conserver son autonomie, Tinté Vos renvoya la proposition de Dooku à la figure du comte, qui prit les mesures qui s'imposèrent en ordonnant à ses sbires de la tuer elle et ses Gardiens, le Sith prenant également part à la tuerie armé de son sabre laser incurvé. Rancunier, Dooku tint à montrer les pouvoirs du Côté Obscur que la vieille femme avait osés provoquer, déchaînant ses éclairs de Force contre les Gardiens de Kiffu présents. Mais lorsque Tinté fut sur le point d'être tuée par Kadrian Sey, Quinlan s'interposa et élimina Sey, faisant sauter sa couverture à la grande satisfaction de Dooku.
Quinlan prit la fuite avec Tinté pour la mettre à l'abri et Dooku se lança à leur suite. Lorsqu'il les rattrapa, le Sith avoua au Kiffar qu'il savait depuis le premier jour qu'il était un agent double, et que s'il l'avait laissé en vie c'était parce qu'il lui serait utile, un pion dévoué qui espionnerait pour lui. Après une brève passe d'armes, Dooku désactiva son sabre et usa de la télékinésie pour malmener Quinlan, non pour le terrasser mais pour l'obliger à l'écouter, notamment à propos des événements entourant la mort de ses parents. Pour appuyer ce qu'il disait, Dooku suggéra à Quinlan de recourir à la psychométrie, talent pour lequel Vos était le plus doué de sa génération, pour découvrir la vérité au lieu d'écouter ses paroles. S'insinuant à travers les brèches mentales qu'il avait créées, Dooku poussa Vos à s'immerger totalement dans le Côté Obscur pour augmenter la puissance de son pouvoir psychométrique et passer outre les défenses psychiques de Tinté pour fouiller dans son âme. Et lorsque Quinlan eut la révélation de la responsabilité de Tinté Vos dans la mort de ses parents, livrés en pâture à des Anzati, il ne resta plus à Dooku qu'à rendre son sabre à Quinlan pour qu'il pût assouvir sa vengeance, chose que le Kiffar s'empressa de faire sans état d'âme. Fier de lui, le comte félicita sa nouvelle recrue, arguant que désormais, avec le Côté Obscur pour allié, il avait la capacité de faire ce qu'il fallait pour changer la galaxie. Dès ce jour, Dooku eut un nouvel assassin personnel.
De son côté, les années passées à étudier les arcanes du Côté Obscur imprégnèrent Dooku de sa nouvelle personnalité de Dark Tyranus. Le comte cherchait également durant ces années au service de Sidious à accumuler d'anciens artefacts Sith, dont des holocrons, afin d'en bénéficier mais aussi en faire profiter des alliés de valeur dans la lutte contre la République. On sait par exemple que Dooku offrit notamment un holocron Sith au Jedi déchu Nikkos Tyris, un des fondateurs de la secte des Jensaarai. Aussi, ce fut la raison pour laquelle il envoya Quinlan Vos et Tol Skorr sur le monde nécropole de Korriban retrouver l'holocron perdu de Dark Andeddu. Vos s'en sortit haut la main, Tol Skorr, éjecté de la rampe du vaisseau de Dooku stationnant à basse altitude, ne devant la vie qu'au comte, qui rattrapa télékinétiquement son Acolyte Noir. Content des prouesses de Quinlan Vos, Dooku ne lui faisait néanmoins pas totalement confiance car, même s'il avait basculé du Côté Obscur, le Kiffar ne s'était pas pour autant totalement converti. Par conséquent, le Sith désirait tester une nouvelle fois son nouveau séide. Mais avant d'en venir à l'objectif de cette mission d'assassinat, Dooku fit une digression sur l'histoire des Sith, le fait qu'ils n'avaient rien à voir avec les Jedi Noirs et que leur règle leur imposait de n'être toujours que deux. Prenant cela pour argent comptant, Quinlan fit mine de s'intéresser pour découvrir l'identité du second Sith dont Dooku avait parlé à Obi-Wan sur Géonosis, mais le comte coupa court poliment à la conversation lorsque Vos suggéra que Dooku était un Sith.
Revenant au briefing de la mission, Dooku voulait faire trépasser quelqu'un se trouvant sur Coruscant, le sénateur Viento, qui pensait pouvoir tromper et utiliser le comte à ses propres fins. Toutefois, Dooku ne précisa pas le nom de la cible à Quinlan, justifiant que le nom de sa proie lui serait donné le moment venu. Par ailleurs, en guise de récompense pour son rude entraînement et son perfectionnement dans le Côté Obscur, Dooku offrit le cristal rouge qui alimentait autrefois le sabre de Dark Andeddu à Quinlan pour qu'il l'utilisât. Si l'assassinat du sénateur Viento réussit, Vos fut contrarié d'avoir été leurré en pensant tuer le second Sith, chose contre laquelle Dooku se défendit en affirmant qu'il ne lui avait jamais expressément dit qu'il tuerait un Sith sur Coruscant. Quelque peu déçu que la compréhension de Vos à propos du Côté Obscur fût si limitée, Dooku ne conserva pas moins l'atout précieux que le Kiffar représentait dans ses rangs. Ce fut sans doute depuis ce jour que Vos eut l'intime conviction que Dooku était en réalité un Sith et que son maître tirait les ficelles de la République en coulisses. Même si certains des lieutenants du comte connaissaient sa véritable nature de Sith, comme Asajj Ventress, un bon nombre en revanche l'ignoraient.
À l'occasion, il arriva à Dooku de placer une prime sur la tête de Jedi, prime que les membres d'une colonie minière sur Katanos VII trouvèrent suffisamment alléchante pour essayer de la récupérer. Ainsi, les habitants de cette colonie minière tuèrent un des Jedi nommé Lunis, mais sa Padawan Obs Kaj réussit à échapper à leurs griffes. Pas pour longtemps en tout cas, puisque Dooku arriva à ce moment-là sur les lieux et fit feu sur la capsule que l'Apprentie Jedi en fuite avait empruntée, ce qui fit qu'il ne versa la prime aux mineurs que pour la mort du Maître Jedi et non de l'apprentie, soit 6000 crédits. Et même si les principales activités du comte durant le conflit étaient de présider le Conseil Séparatiste et de diriger la guerre, Dooku accomplit personnellement certaines missions pour le seul profit de son maître, comme cela avait déjà été le cas sur la planète Hitaka où les deux Sith avaient leurré les Généraux Jedi Ki-Adi-Mundi et Aayla Secura. Mettant du cœur à l'ouvrage pour créer davantage de foyers de révolte, Dooku assista des chefs séparatistes locaux, comme cela fut le cas, environ quinze mois après Géonosis, lorsque le comte envoya un contingent de droïdes assassins de série A pour soutenir l'effort de guerre du Séparatiste Alto Stratus dans sa guerre contre les Républicains et les forces loyalistes de sa planète Jabiim.
Et en une occasion, alors qu'il se trouvait dans sa base de Bakura, environ dix-sept mois après les événements survenus sur Géonosis, Dooku dut prendre des mesures drastiques sur ordre de Sidious pour éliminer le Jedi Ronhar Kim et son Padawan Tap-Nar-Pal sur Merson en dépêchant une armée droïde très importante. Ces deux Jedi avaient dans l'idée de faire passer un bilan sanguin à tous les membres du Sénat afin de dénicher ce fameux second Sith dont Kenobi avait entendu parler, chose que Sidious, alias Palpatine, ne pouvait tolérer. Ainsi, l'envoi de troupes mécanisées cinq fois supérieures à ce que les Services de Renseignement de la République avaient cru s'avéra une action vitale, Dooku préservant de ce fait la double identité de son seigneur et maître. Alors que les forces armées des deux belligérants portaient le conflit aux quatre coins de la galaxie, Dooku et le Général Grievous ne reculèrent devant rien pour emporter le plus de vies possibles dans la tourmente de la guerre. Par exemple, l'homme et le cyborg eurent un jour l'idée d'éradiquer une armée d'invasion républicaine sur la planète Viidaav, ainsi que ses habitants, pourtant alliés aux Séparatistes, en rendant la surface de ce monde inhabitable. Les droïdes de combat avaient disséminé des charges explosives à la surface de ce monde en vue de transformer Viidaav en enfer. Au plus grand regret de Dooku, les soldats clones et les colons de Viidaav mirent au jour ce complot et combattirent les défenses droïdes pour stopper le signal de mise à feu des charges. La planète fut sauvée grâce aux actions héroïques de l'un et l'autre camp, dupés par les Séparatistes.
Continuant à prodiguer conseils et assistance à ses lieutenants et alliés, Dooku ne s'impliquait que rarement sur le champ de bataille, comme lorsque les Séparatistes envahirent la planète Praesitlyn pour contrôler le centre de communication vital s'y trouvant, où Dooku ne fit que conseiller l'Amiral Pors Tonith. Pour contrer les actions de Tonith, les Jedi Nejaa Halcyon et Anakin Skywalker se rendirent sur ce monde. D'ailleurs, Dooku et son Maître Sidious témoignaient d'un intérêt tout particulier pour Skywalker depuis le début de la Guerre des Clones et ne manquèrent cette occasion pour l'observer, car souhaitant l'amener plus près du Côté Obscur. Manipulant le cours de la Bataille de Praesitlyn pour œuvrer à la mise en œuvre du grand dessein des Sith, Dooku retarda volontairement l'arrivée des renforts de la Confédération des Systèmes Indépendants jusqu'au dernier moment, entraînant la défaite des forces de Pors Tonith et une nouvelle victoire pour la République. Néanmoins, la bataille avait éprouvé Skywalker.
Malgré les atrocités que Dooku avait commises, il existait des personnes qui croyaient sincèrement que le Seigneur Sith pouvait être sauvé. Parmi ces personnes, on comptait le Grand Maître Yoda, qui attendit néanmoins l'arrivée d'un message très particulier du comte au Temple Jedi agir en conséquence. Le Comte Dooku avait en effet épargné la vie du Jedi Jai Maruk, qu'il libéra pour le renvoyer au sanctuaire des Jedi avec un présent pour Yoda. Ce présent n'était autre qu'un petit coquillage, lourd de signification pour le comte et Yoda, et rappelant au vieux Maître Jedi une conversation qu'il avait eue avec Dooku 63 ans plus tôt quand l'humain n'était encore que Padawan. Explicitement, d'après ce que Maruk rapporta, Dooku était désireux de faire la paix ; implicitement, il semblait souhaiter rentrer au Temple Jedi. Préoccupé par cette nouvelle, et après avoir pesé le pour et le contre, Yoda décida de se rendre sur la planète Vjun pour rencontrer son ancien disciple. Dooku avait mis l'accent sur la nécessité d'une entrevue sous le sceau du secret, même si Yoda prit des précautions en informant vaguement et dans les grandes lignes le Conseil Jedi et le Chancelier Palpatine de ses plans.
Mais en réalité, Dooku ne tramait qu'une sombre machination en vue de tout simplement tuer Yoda, la paix n'entrant aucunement dans ses prérogatives. Pour aller à la rencontre de Dooku, Yoda s'alloua les services de Palleus Chuff, un acteur de petite stature, pour qu'il incarnât le Grand Maître en public lors d'une mission sur Ithor tandis que Yoda aurait les coudées franches pour se rendre sur Vjun. Ventress prit le vaisseau de l'acteur en embuscade peu avant son arrivée sur Ithor et le détruisit, capturant tout de même Chuff car s'étant rendue compte qu'il ne s'agissait pas de Yoda. Cependant, alors que la galaxie croyait que Yoda avait fait face à son destin, la véritable localisation de Yoda fut dévoilée à cause du droïde Solis, qui voyageait avec lui. Ainsi, Ventress remonta la trace du vrai Yoda jusqu'au Port Spatial de Phindar et attaqua le groupe du Maître Jedi avec dix-huit droïdes assassins de série A, tuant au passage deux Maîtres Jedi – Jai Maruk et Maks Leem – mais au final la Jedi Noire échoua une fois de plus. Cette tournure des événements déplut fortement à Dooku, qui songea sérieusement à éliminer sa tueuse, qui avait fait preuve d'un peu trop d'initiative en voulant se débarrasser elle-même du Grand Maître et avait failli. Cependant, lorsqu'elle reprit contact avec le comte, sachant pertinemment que son sort ne tenait plus qu'à un fil, Ventress fit une proposition audacieuse au comte, celle d'unir leurs forces pour tuer son Maître Sidious. Surpris par cela, Dooku ne se laissa pas pour autant démonter, mais décida de conserver Ventress et lui ordonna de revenir sur Vjun où Yoda viendrait finalement.
Au bout d'une longue attente, Dooku fut visité par Yoda au Château Malreaux, quartier général temporaire de Dooku sur Vjun. Yoda avait laissé les deux Padawans l'accompagnant dans les cavités sous le château afin de rencontrer son ancien élève seul. Le vieux Maître Jedi se présenta à la fenêtre du bureau du comte, qui lui ouvrit en guise d'invitation cordiale avant d'entamer la conversation. Celle-ci porta sur un souvenir d'enfance du comte, à propos des roses et de sa famille, avant d'en venir plus sérieusement à la nature du Côté Obscur et le choix que Dooku avait fait. Témoignant de l'intérêt, Yoda encouragea Dooku à lui expliquer en quoi le Côté Obscur était supérieur. Les arguments de Dooku, portant sur le fait que le Côté Obscur habitait chacun d'entre nous et qu'il fallait embrasser cette vérité, furent réduits à néant par les propos de Yoda, dont le but non dissimulé était de persuader Dooku de revenir auprès de lui, le Grand Maître sachant qu'une lueur de bien persistait au plus profond du cœur du leader séparatiste et qu'il lui accorderait son pardon, bien davantage qu'auprès de son nouveau maître Sith. Dooku sembla considérer cette proposition, ses convictions vacillant momentanément, mais la discussion fut interrompue par le chaos provoqué Kenobi et Skywalker, envoyés sur Vjun par Mace Windu à la requête du Chancelier Palpatine pour prêter main forte à Yoda si nécessaire, dans le château alors qu'ils affrontaient les droïdes et les défenses du château.
Même si Yoda n'était pas au courant de cela, ses efforts pour faire entendre raison à Dooku s'envolèrent quand le duel parut inéluctable entre les deux hommes, le comte prenant l'irruption de Kenobi, et surtout de Skywalker, comme une trahison. Dooku déchaîna sa furie contre Yoda, parvenant à le blesser légèrement de la pointe de son sabre laser écarlate. Mais la brève bataille qui s'ensuivit et qui illumina la salle des lueurs rouge et verte des armes des duellistes confirma les talents de Yoda, qui fit reculer Dooku à plusieurs reprises, le comte voyant ses offensives barrées par les parades de Yoda ou rencontrer le vide en raison de l'agilité du petit Jedi verdâtre à esquiver les coups de taille et d'estoc. Alors, comme ultime ressort, le Comte Dooku prit la poudre d'escampette à travers la fenêtre de la salle, se réceptionnant délicatement grâce à la Force plusieurs mètres en contrebas pour finalement se volatiliser une énième fois. Le piège que Dooku avait voulu tendre à Yoda avait été déjoué et avait failli se retourner contre lui quand Yoda avait montré tant de compassion pour le sauver. Mais Dooku ne se faisait pas d'illusion : il savait que le jeune homme qu'il avait été s'en était allé, définitivement ; il ne lui restait plus que la guerre et l'étreinte des ténèbres, qu'il servirait jusqu'à sa mort.
V. Le conflit se poursuit
Disposant ses forces à l'image de pions sur l'immense échiquier galactique de la guerre, Dooku cherchait à rallier toujours plus d'alliés sous la bannière séparatiste. Dans ce but, afin de bénéficier du soutien des Hutts, Dooku prit contact avec l'oncle de Jabba, Ziro le Hutt, et le convainquit d'enlever le fils de son neveu, à savoir le petit Rotta, pour dresser les clans Hutts contre la République et, dans une certaine mesure, permettre à Ziro d'obtenir un gain supplémentaire de pouvoir au sein des clans Hutts. Ziro s'en pourléchait déjà les babines et accepta tout naturellement. Rotta fut enlevé – sans que Jabba ne se doutât qu'il s'agissait d'une traîtrise provenant de Dooku – et emmené sur la planète Teth où il fut retenu sous la surveillance d'un bataillon de droïde et d'Asajj Ventress. Comme prévu, le seigneur du crime requit l'aide des Jedi et de la République, qui ne pouvaient refuser une telle aubaine au vu de la situation : en effet, les forces de Dooku avaient un solide contrôle des principales voies hyperspatiales et, de ce fait, le ravitaillement des troupes de la République dans la Bordure Extérieure s'en retrouvait handicapé. Aussi, la République avait cruellement besoin de conclure un traité avec les Hutts pour que ses armées pussent circuler en toute sécurité sur le territoire des seigneurs du crime et ainsi établir une ligne d'approvisionnement du Noyau jusqu'à la Bordure.
Sitôt après la visite de Kenobi sur Tatooine auprès de Jabba pour lui assurer qu'une opération de sauvetage de son fils était montée par la République, Dooku rendit à son tour visite au Hutt afin de semer le trouble en affirmant que les Jedi étaient responsables de cet enlèvement et que, de plus, ils prévoyaient d'attenter aux jours du seigneur du crime. Jabba exigeant des preuves quant à la véracité de ces accusations, Dooku s'engagea à les lui fournir. Pendant ce temps, comme il l'avait ordonné à son assassin, Ventress laissa la République décimer le bataillon droïde gardant le monastère de Teth où Rotta était détenu, le but étant d'obtenir des images compromettantes montrant le petit Hutt entre les mains des Jedi. Ventress lui fournit ces images holographiques par l'intermédiaire du droïde 4A-7, images sorties de leur contexte, montrant Rotta emmené par les Jedi Skywalker et Ahsoka Tano. Lorsqu'il fit visionner ces images à Jabba, Dooku avait obtenu l'effet désiré en attisant l'animosité du Hutt à l'encontre des Jedi et lui certifia qu'une opération de récupération était en cours afin de libérer son fils des Jedi. Patientant dans le palais de Jabba dans l'attente des nouvelles de son assassin, Dooku apprit de la part de Ventress, malgré le délai qu'il lui était imparti, que celle-ci n'avait toujours pas mis la main sur Rotta. Dooku rappela à sa tueuse que dans son propre intérêt il valait mieux pour elle qu'elle réussît, sans compter que les Séparatistes avaient besoin du soutien des Hutts contre la République. Mais la conversation tourna court et Ventress dut interrompre la transmission avec son maître car elle fut rappelée à ses devoirs quand elle dut affronter Kenobi.
Ultérieurement, non seulement Ventress n'avait toujours pas récupéré Rotta, mais en plus Skywalker avait emmené le petit Hutt à bord d'un transport en hyperespace pour gagner Tatooine et le ramener à son père. Bien entendu, la version qu'elle donna via le communicateur holographique de Dooku devant Jabba et son assemblée de malandrins fut tout autre : d'après ses dires, Rotta avait été assassiné par Skywalker avant qu'elle ne pût intervenir. Cet impondérable ne fut pas nuisible à Dooku dans son projet puisqu'il sut tirer parti de la colère manifeste de Jabba suite à cette nouvelle, et le leader séparatiste proposa de tuer Skywalker, se rendant selon lui sur Tatooine dans le but de tuer Jabba. Déployant ses MagnaGardes IG-100, deux d'entre eux aux commandes de chasseurs Porax-38 qui obligèrent Anakin, sa Padawan et le petit Hutt à s'écraser à plusieurs kilomètres du palais de Jabba, Dooku se porta personnellement à la rencontre des indésirables, voulant s'assurer, sous prétexte de protéger les intérêts et la vie du seigneur du crime, que Rotta n'arriverait jamais jusqu'à son père.
Par ailleurs, le comte informa son allié comploteur Ziro le Hutt de la progression de leurs affaires, la tournure actuelle des événements devant sans doute entraîner la chute de Jabba et probablement l'ascension de Ziro au sein des Hutts. Mais leur discussion fut interrompue car Amidala, venue rendre une visite de courtoisie à Ziro pour qu'il tentât de convaincre Jabba de l'innocence des Jedi dans l'enlèvement de Rotta, avait surpris la conversation entre le comte et du Hutt. Padmé capturée par les gardes de Ziro, Dooku affirma à son interlocuteur que la sénatrice était d'une valeur inestimable pour certains de ses alliés séparatistes et qu'ils se feraient une joie de le rétribuer en échange d'Amidala. Après quoi, Padmé fut retenue en détention et Dooku partit vers les dunes de sables accomplir sa sinistre besogne. À bord de son speeder, alors que la nuit venait de tomber sur les sables de Tatooine, Dooku intercepta la route de Skywalker, qui avait emprunté un autre chemin que celui d'Ahsoka afin de minimiser le risque d'être pris. Skywalker portant le sac à dos dans lequel devait se trouver Rotta, Dooku somma son opposant Jedi de le lui remettre ou alors de mourir, après quoi le comte lança ses éclairs de Force sur Skywalker, qui les para de son sabre laser.
Activant également son arme, Dooku chargea sur Anakin dans une passe d'armes où la pointe de l'arme de Dooku passa près du visage du Jedi. Dooku dut admettre que les talents d'épéiste d'Anakin avaient progressé. Cherchant à déstabiliser son adversaire, Dooku se rappela qu'Anakin était originaire de ce monde, avec lequel il partageait un lien ténébreux, marqué par le deuil. Envahi par l'émotion, Skywalker repoussa Dooku et tenta, via la télékinésie, de le submerger sous une rafale de sable, rafale que le Sith lui renvoya en pleine figure avec une aisance désarmante. Skywalker perdit son sabre et Dooku saisit cette occasion pour fondre sur son adversaire, qui récupéra son arme à temps pour arrêter la lame rouge lui effleurant le visage. Mais lorsque Skywalker se rétablit sur ses deux jambes, un geste de Dooku fit que le comte parvint à trancher une partie du sac dorsal d'Anakin où était censé se trouver Rotta. Dooku obligea Anakin à reconnaître sa défaite puisqu'il venait de tuer le fils de Jabba. Mais la mine de Dooku s'assombrit quand il découvrit que Skywalker n'avait servi que de leurre, le sac ne contenant que des pierres. Ayant plus d'un tour dans son sac, Dooku avait au préalable dispatché le reste de ses MagnaGardes sur la route du palais de Jabba pour s'assurer qu'aucun intrus ne pénétrerait dans la base de Jabba, ce qui fit qu'Ahsoka et Rotta furent confrontés aux gardes droïdes de Dooku.
De son côté, le comte de Serenno avait bien l'intention d'en finir avec Skywalker. Profitant d'une faiblesse dans la défense d'Anakin, Dooku le repoussa avec la Force et lui montra un hologramme du combat de la Padawan Togruta contre trois MagnaGardes, ce qui fit enrager Anakin au point qu'il désarma et fit chuter le comte au pied de la dune au sommet de laquelle ils combattaient. Nullement déconfit, Dooku remua le couteau dans la plaie en soulignant que ses droïdes tueraient Rotta et livreraient Tano vivante pour la soumettre à la vengeance de Jabba. Sur ce, Skywalker rompit l'engagement et enfourcha le speeder de Dooku pour soutenir sa Padawan, alors que Dooku riait à gorge déployée du tragique de la situation pour ses ennemis Jedi. Toutefois, grâce aux efforts conjoints de Skywalker, Tano et Amidala – qui avait été secourue des griffes de Ziro – le voile de mystère sur toute cette machination fut levé et un traité d'entente entre la République et les Hutts put être signé. Ziro fut arrêté et la responsabilité de l'enlèvement de Rotta rejetée sur les Séparatistes. Il ne restait plus au Comte Dooku qu'à quitter Tatooine à bord de son voilier solaire, informant du même coup Sidious de l'échec des négociations avec les Hutts. Mais pour le Seigneur Noir des Sith, les moteurs de la guerre tournaient toujours en leur faveur et cette petite victoire des Jedi n'empêcherait pas les deux Sith d'atteindre leurs objectifs.
D'un certain point de vue, Dooku ne comprenait pas exactement pourquoi son maître s'évertuait à prolonger un conflit que lui-même, avec la supériorité numérique des armées droïdes confédérées et de leurs bâtiments de guerre, serait apte à remporter dans des délais raisonnables. Mais en tant que fidèle disciple de Sidious, Dooku ne poussa pas plus loin le raisonnement, même si certaines décisions de Dark Sidious le plongeaient en pleine perplexité. Par exemple, alors qu'il se trouvait dans sa base sur Serenno, Dooku reçut un message l'alertant qu'une opération montée par les Jedi visait l'un des principaux chantiers navals séparatistes sur Gwori. Informant son âme damnée de maître, Dooku fut quelque peu étonné de voir que celui-ci était non seulement au courant mais qu'il traitait la menace actuelle avec légèreté, arguant que cette mission Jedi n'avait que très peu de chances de succès. Par ailleurs, éterniser le conflit permettait, selon les dires de Sidious, de séparer le bon grain de l'ivraie parmi les serviteurs des Sith et de vérifier quels Jedi représentaient un véritable danger. Mais les craintes de Dooku s'avérèrent fondées quand le Sith apprit que des Jedi avaient franchi le périmètre de sécurité théoriquement inviolable de Gwori pour des êtres organiques. Aussi contacta-t-il Juhm, le superviseur des chantiers de Gwori, pour lui offrir assistance en dépêchant des renforts sur place, même si Juhm affirmait qu'il n'en avait guère besoin et que la situation était sous contrôle.
Puis, Dooku fut ravi de constater que Juhm avait mis le grappin sur les membres du commando républicain, dont Ahsoka Tano, Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi, ce qui le motiva pour voyager jusqu'à Gwori pour assister aux premières loges à l'exécution de ses adversaires. Affrétant son voilier solaire personnel, Dooku fut escorté par Ventress pour l'occasion, mais une fois arrivé sur Gwori le comte de Serenno déchanta rapidement lorsqu'il découvrit les Jedi échappés et ses précieux chantiers anéantis. À la lumière de cet échec obscène, le couperet tomba pour Juhm quand Dooku prononça la sentence de mort pour le superviseur Muun, qui périt des mains de Ventress. Ne perdant pas une seconde, le Comte Dooku prit contact avec son maître pour le tenir au courant de cet effroyable gâchis. Mais le Seigneur Noir rasséréna son apprenti à propos de la perte des chantiers navals, d'autant que les Sith avaient pu mesurer à quel point Skywalker et Kenobi étaient puissants, et Juhm incompétent. Une expérience douloureuse mais forte d'enseignement pour le leader séparatiste, qui se jura de pallier ces deux difficultés.
En tant que leader des Séparatistes, mais aussi en tant que bras armé de Sidious manœuvrant ses pions sur l'immense échiquier galactique de la Guerre des Clones, Dooku dut rivaliser d'ingéniosité au cours de cette conflagration pour amener de plus en plus de mondes, notamment des planètes neutres, dans le giron de la Confédération des Systèmes Indépendants. L'un de ses stratagèmes visait le Roi Katuunko de Toydaria, qui envisageait sérieusement de soutenir la République en autorisant l'implantation d'une base de ravitaillement dans le Système Toydaria. Interceptant les communications entre le souverain et la République, Dooku apprit que ce serait Yoda qui serait dépêché sur place pour ouvrir les négociations sur Rugosa, une lune corallienne, et dépêcha son assassin Asajj Ventress pour couper l'herbe sous le pied vert de son ancien mentor. Par l'intermédiaire de Ventress, Dooku put discourir par hologrammes interposés avec Katuunko, soutenant que les Jedi ne pourraient le protéger lui et son peuple, les gardiens de la paix ne pouvant même pas se protéger eux-mêmes. En guise de démonstration, plusieurs frégates Munificent accueillirent le vaisseau consulaire de Yoda dès sa sortie de l'hyperespace. Néanmoins, si le navire républicain dut prendre la poudre d'escampette, Yoda et plusieurs clones étaient parvenus à se poser sur Rugosa, et acceptèrent de relever un défi : si Yoda et ses clones parvenaient à vaincre les forces droïdes présentes, Toydaria se joindrait à la République ; mais dans le cas contraire, Toydaria adhèrerait au mouvement séparatiste.
Maître en fourberie, trait qu'il transmit à son apprentie Ventress, Dooku s'assura que le combat serait tout sauf équitable, envoyant tout un bataillon pour affronter Yoda et les quelques clones l'accompagnant. Toutefois, ce déséquilibre ne fut que temporaire puisque Yoda parvint à dominer ses adversaires sur le champ de bataille, au grand déplaisir de Dooku, d'autant que Katuunko avait pu être témoin de la bravoure et de la force du vénérable Grand Maître à la peau verte. Renvoyant la proposition d'alliance au visage du comte, Katuunko faillit bien trépasser sous les lames de la Jedi Noire lorsque Dooku, furibond, ordonna à son assassin de tuer le roi Toydarien. Mais Yoda arriva à point nommé pour sauver son altesse sérénissime et ainsi infliger un cuisant échec au Comte Dooku, qui n'était en définitive pas parvenu à gagner la loyauté de Toydaria malgré les ressources déployées.
Au cours de la guerre, bien qu'étant appelé de par ses obligations à se tenir relativement loin du champ de bataille, Dooku connut maintes occasions de se salir les mains et de diriger lui-même les opérations en allant au feu, comme cela fut le cas lors de l'attaque séparatiste contre la planète Falleen. Au cours de cet engagement, le comte parvint à infiltrer la forteresse du roi de Falleen, dernier bastion de résistance de la planète, et à l'obliger, sabre laser aidant, à baisser le bouclier protégeant sa forteresse tout en cédant son monde à la Confédération des Systèmes Indépendants. Jubilant, Dooku ne rata pas cette opportunité de satisfaire son maître en lui faisant part de sa victoire.
Très peu de temps après, Sidious reprit contact avec son apprenti en vue de mettre sur pied un plan pour tuer Bail Organa et Obi-Wan Kenobi, ce plan consistant notamment à recourir à un agent infiltré au sein des Amis de la République, un groupe fournissant des informations à Organa. Sur les ordres de Sidious, Dooku fournit par l'intermédiaire de cet agent des renseignements selon lesquels les Sith seraient sur la planète Zigoola. En effet, la planète susnommée abritait un temple Sith dans les entrailles duquel se trouvaient de dangereux artefacts du Côté Obscur qui ne manqueraient pas de détruire les cibles des Sith. Si Kenobi et Organa se rendirent effectivement sur Zigoola, leur échappée belle fut un nouvel échec retentissant pour Dooku, ce qui mina davantage la confiance de Dark Sidious envers son disciple. Ne relâchant pas pour autant ses efforts, ce fut également vers cette époque que Dooku participa à une conférence séparatiste sur Chanosant dans le but de rallier toujours plus de mondes et de ressources à sa cause.
Par la suite, il fut confié au Général Grievous le commandement du tout nouveau vaisseau de guerre de la Marine Séparatiste, le Malveillant, un puissant croiseur doté d'un canon ionique capable de neutraliser les systèmes de tous les appareils croisant sa route avant de les abattre comme des quilles. Pour les phases initiales des tests du Malveillant, Dooku supervisa la manœuvre avec son général cyborg en chef, décimant les navires de combat républicains en ne laissant aucun témoin derrière eux. Lorsqu'ils furent rejoints dans le Système Abregado par une flottille de trois destroyers Venator dirigés par Maître Plo Koon, Dooku somma de brouiller les transmissions ennemies avant que quiconque pût les localiser, puis le canon ionique du Malveillant fit son ignominieux office. Quelques survivants, dont Plo Koon et le Commandant Wolffe, étaient parvenus à gagner des capsules de sauvetage pour échapper à la destruction, et ce fut donc tout naturellement que Dooku voulut s'assurer qu'aucun importun ne s'en sortirait vivant en faisant dépêcher des vaisseaux d'abordage Droch pour traquer et éliminer les éventuels rescapés républicains. Toutefois, ces efforts pour faire taire les curieux ne permirent pas à Dooku et à Grievous d'empêcher Anakin Skywalker et Ahsoka Tano, venus à bord du Twilight inspecter les débris de la flotte de Plo Koon en quête de survivants, d'exfiltrer le Jedi Kel Dor et quelques clones des vestiges du champ de bataille et de se soustraire à temps au rayon ionique du croiseur Subjugator. Contenant sa colère, Dooku reporta cet échec sur une énième incompétence de ses subordonnés, en l'occurrence Grievous dans ce cas précis.
Pour la suite des exactions commises par le Malveillant, Dooku quitta le bord mais resta en contact avec le Général Grievous, resté à bord de son nouveau croiseur étendard. Suite à la Bataille de Ryndellia, qui fut davantage un massacre pour les frégates Pelta de la République, et après que Grievous eut passé ses nerfs sur l'un de ses droïdes de combat B1, Dooku assigna au cyborg Kaleesh une nouvelle mission en décidant d'anéantir le Centre Médical des Abîmes de Kaliida pour « délester » la Grande Armée d'une partie de ses troupes alors en convalescence. Si Grievous parvenait à la détruire, les fantassins clones estropiés ne pourraient plus être secourus dans cette région de la galaxie, ce qui représenterait un avantage considérable. Dooku, après lui avoir témoigné sa confiance, coupa la communication pour retourner à ses affaires. Puis, alors qu'il se trouvait en hyperespace à une courte distance de sa cible, le Malveillant fut contacté par Dooku, qui avait reçu des nouvelles intéressantes de Dark Sidious : selon lui, un groupe de combat mené par Anakin Skywalker était en chemin pour barrer la route au Malveillant. Malgré la grande confiance de Grievous dans les capacités du vaisseau, Dooku souligna qu'il s'agissait de Skywalker et qu'il ne devait pas être sous-estimé. Et ces craintes furent tout à fait fondées comme en témoigna la suite des événements.
Suite à la confrontation avec l'Escadron Shadow de Skywalker, le Malveillant subit des dégâts catastrophiques : son arme principale fut réduite au silence et plusieurs sections du croiseur Subjugator furent éventrées ou victimes d'explosions, sans compter que des destroyers menés par Obi-Wan Kenobi étaient arrivés en renfort aux abords de la station et se mirent à poursuivre le bâtiment séparatiste à l'agonie en le pilonnant allègrement de leurs turbolasers. Le Malveillant passa du statut de chasseur à celui de proie, fuyant ses poursuivants à travers le vide intersidéral, son hyperdrive ayant été temporairement neutralisé. Devant prendre les choses en main, et obligeant Grievous à ravaler sa fierté, le Comte Dooku certifia à son général en chef que la sénatrice Amidala était en chemin vers le secteur actuel du croiseur confédéré et pourrait servir d'otage, laissant le champ libre au Malveillant pour qu'il pût effectuer des réparations sommaires sur son système hyperdrive et regagner le territoire séparatiste pour être restauré. Patientant plus que de raison, Dooku somma son général de s'expliquer pour savoir pourquoi le croiseur n'était toujours pas arrivé au point de rendez-vous. Pour toute réponse, Grievous raccrocha simplement au nez du comte pour ne pas avoir à rapporter son nouvel échec. En effet, les navicomposants du Malveillant avaient été reprogrammés par Skywalker, qui avait discrètement abordé le navire avec Kenobi pour sauver Amidala et C-3PO, pour que le vaisseau s'écrasât sur la lune morte d'Antar. La perte de ce précieux bâtiment de guerre fut une claque infligée au chef des Séparatistes, mais n'entama en rien sa détermination.
Lorsque le vice-roi de la Fédération du Commerce Nute Gunray fut capturé sur Rodia suite à une tentative infructueuse pour faire basculer la planète dans le camp confédéré, cela fut un sujet de grande inquiétude pour Dark Sidious, qui savait tout comme Dooku que le Neimoidien ne pourrait soutenir très longtemps un interrogatoire Jedi. Déjà à pied d'œuvre, Dooku, conférant avec son maître par hologrammes interposés à bord de sa frégate Munificent, rassura le Seigneur Noir en ajoutant qu'Asajj Ventress serait chargée soit de libérer Gunray de ses geôliers, soit de le réduire définitivement au silence. Même si Sidious demeurait dubitatif quant aux aptitudes de Ventress, surtout à la lumière de ses échecs récents, Dooku réitéra sa confiance dans son meilleur assassin en certifiant qu'elle s'acquitterait de sa mission à la lettre. Sidious lui donna alors son aval pour l'opération. Lorsque la communication avec Sidious prit fin et que son hologramme s'évanouit, Ventress eut un bref échange privé avec le comte : cette fois-ci, elle devrait montrer qu'elle était digne d'être son apprentie. Et ce fut ce que la jeune femme fit, avec brio et l'aide de Faro Argyus, capitaine renégat des commandos du Sénat, en délivrant Gunray tout en infligeant des avaries au destroyer Venator Tranquillité pour empêcher toute poursuite. Ventress tua à cette occasion Argyus, le mérite de la réussite du sauvetage de Gunray lui revenant après tout, et Dooku, de son côté, ne ressentit aucune émotion suite à la mort d'Argyus, qu'il connaissait depuis longtemps pourtant. C'est dire à quel point le cœur du comte de Serenno était devenu aussi froid et dur que de la pierre.
Ne reculant devant rien, même pour tester la fiabilité de ses agents, Dooku profita de l'évasion du vice-roi Gunray pour soumettre Grievous à une épreuve afin de déterminer si le cyborg était toujours apte à commander l'Armée Droïde Séparatiste. Ce plan machiavélique mis en branle pour son général en chef incluait la participation des Jedi Kit Fisto et Nahdar Vebb, qui suivirent la piste du vice-roi grâce à une balise intégrée dans le croiseur grâce auquel le Neimoidien et ses alliés purent s'échapper. Les Jedi et quelques clones remontèrent le signal jusque dans une forteresse située sur une lune de Vassek, l'antre de Grievous, où l'hologramme d'un Dooku suffisant les accueillit. À la place, le comte promit aux Républicains une autre récompense, s'ils arrivaient bien entendu à mettre la main dessus : Grievous. Ainsi, la série d'affrontements qui eurent lieu entre le cyborg et ses invités impromptus de la République fut l'occasion de vérifier la combativité du général Kaleesh. Par la suite, le comte apprit du synthétiseur vocal de Grievous que ce dernier était parvenu à éliminer les clones et Vebb, mais aussi que Maître Fisto avait pu en réchapper. À l'évidence pour Dooku, son général avait encore des progrès à faire avant de pouvoir se targuer d'avoir éliminé un membre éminent du Haut Conseil Jedi.
Dooku demeurant insaisissable, toujours en mouvement au sein de la Flotte Séparatiste, les Jedi eurent bien une idée pour le débusquer, l'une des parties de ce plan consistant à laisser Anakin Skywalker se laisser capturer par l'équipage de la frégate Munificent du comte, ce qui arriva un peu trop bien au goût d'Anakin. L'autre partie du plan consistait pour Kenobi à gagner à ce moment-là, pendant que les droïdes du bord étaient occupés à emmener Skywalker en détention, le vaisseau de Dooku en scaphandre pressurisé afin de délivrer son compagnon Chevalier Jedi et en prime mettre la main sur Dark Tyranus. Une fois Skywalker libéré de ses tortionnaires droïdes, les Jedi trouvèrent Dooku dans sa cabine, méditant en position du lotus et au courant de la présence des visiteurs, ayant ressenti comme une déplaisante perturbation dans la Force.
Ce fut à ce moment-là que le destroyer républicain accompagnant les Jedi fit feu de tous ses canons sur la frégate du comte. Stoïque, Dooku resta immobile et serein un instant avant de fausser compagnie à Kenobi et Skywalker en se laissant glisser dans un conduit dont l'ouverture, située sous son pouf de méditation, s'était activée en moins d'une seconde pour permettre au leader séparatiste de se faufiler hors de ce piège. Skywalker, impulsif, suivit Tyranus dans le boyau métallique en espérant le rattraper. Durant cette course, qui ressemblait davantage à une glissade effrénée, Dooku tendit le bras et déchaîna les éclairs de Force pour freiner Anakin, qui usa de son sabre laser pour parer les mortelles décharges. Toutefois, du fait de l'énergie dégagée par la foudre Sith, Skywalker en fut désorienté et cette diversion permit à Dooku de continuer à glisser jusqu'au hangar principal sans se soucier de Skywalker, qui avait perdu la piste de sa cible au moment où le boyau d'évacuation s'était séparé en deux.
De son côté, le chef des Séparatistes, une fois au hangar, se hâta pour pénétrer à l'intérieur de son voilier solaire et mettre littéralement les voiles, escorté par plusieurs chasseurs droïdes Vautour. S'engagea alors une course-poursuite au cours de laquelle les Jedi talonnèrent le voilier de Dooku de près grâce à une navette Sheathipede. Anakin et Obi-Wan assaillirent Dooku et les tirs perturbèrent les Séparatistes et, grâce à Kenobi alors aux commandes des batteries de la navette, le voilier géonosien fut touché et s'embrasa, prêt à s'écraser sur la planète la plus proche avec son passager, à savoir Vanqor. Suite à une collision avec l'un des chasseurs Vautour de l'escorte du comte, Kenobi et Skywalker subirent le même sort que le voilier de Tyranus en se posant en catastrophe sur Vanqor également. Le comte avait évacué son transport désormais inopérant en prenant soin d'activer une balise de détresse et s'était dirigé vers une grotte proche, veinée de cristaux et de gemmes. Même avec Kenobi et Skywalker ayant décelé sa présence parmi les formes de vie de la grotte ténébreuse, Dooku ne se laissa pas décontenancer et provoqua un éboulement de stalactites et de rochers sur les Jedi grâce à la télékinésie. Ses adversaires ensevelis sous les décombres, Dooku se réjouit et emporta le sabre laser d'Anakin en guise de trophée, son contentement se lisant sur son visage. Puis, comme ultime précaution, il recourut à la Force pour sceller l'entrée de la caverne.
Seul et dissimulant son visage sous sa capuche, Dooku parcourut les étendues désertes et gelées de Vanqor, direction l'épave de son voilier solaire. Ce fut alors que le Sith découvrit sur le lieu du crash un gigantesque vaisseau en forme de soucoupe et dont l'équipage essentiellement composé de Weequays était en train de piller les vestiges de son appareil et de celui des Jedi. Dooku s'approcha de celui qui semblait être leur chef pour l'interpeller : Hondo Ohnaka. Ne désirant nullement dévoiler sa véritable identité aux malandrins, Dooku prétexta qu'il n'était que la pauvre victime d'une tempête d'astéroïdes qui l'avait forcé à se poser de toute urgence avec son voilier solaire. Ohnaka lui proposa, contre monnaie sonnante et trébuchante, de l'acheminer jusque sur Florrum, située à six parsecs de Vanqor. Ne pouvant se permettre de faire la fine bouche, Dooku accepta l'offre du pirate, toute planète s'avérant plus propice que la glaciale planète sur laquelle il se trouvait. Toutefois, au cours du trajet vers Florrum, que cela fût par négligence ou arrogance, Dooku commit l'erreur de sous-estimer la malveillance de ses « bienfaiteurs », car sitôt arrivé dans la base des pirates sur Florrum, le Sith se retrouva dans une position très inconfortable.
Encerclé par les séides d'Ohnaka après avoir descendu la rampe du vaisseau pirate, Dooku voulut se saisir de son arme et de celle de Skywalker et constata qu'il en avait été dépouillé, Ohnaka brandissant avec suffisance les sabres laser et s'étant douté dès le départ qu'il s'agissait ni plus ni moins que du chef des Séparatistes. En dépit de ses pouvoirs de Sith, Dooku n'était pas de taille face à la supériorité numérique des Weequays qui pouvaient l'atteindre par des tirs croisés, d'autant qu'il n'avait aucune, ou peu s'en fallait, de possibilités de riposte pour le moment. Captif des flibustiers, Dooku allait servir de monnaie d'échange contre une rançon substantielle – un million de crédits sous forme d'épice – dans une transaction qui impliquerait la République, Ohnaka étant persuadé que celle-ci débourserait une somme astronomique pour arrêter le leader séparatiste. La République acceptant à condition que deux Jedi pussent vérifier la véracité des dires du pirate, Dooku fut maintenu dans un champ de détention, isolé dans une cellule sombre jusqu'à ce que Skywalker et Kenobi fussent arrivés sur Florrum, non sans une certaine satisfaction de voir le puissant Seigneur Sith réduit à l'impuissance. Faisant fi des railleries de ses ennemis, et rappelant au passage à Skywalker qu'il avait été son prisonnier il y a encore peu de temps, Tyranus leur soutint que la situation s'améliorerait bientôt pour lui, et mit en garde Obi-Wan et Kenobi contre les manigances des Weequays. Les Jedi coupèrent court à la conversation et laissèrent Dooku à sa solitude… pour une brève période seulement.
Car les pirates et leur chef comptaient multiplier leurs profits en faisant prisonniers Obi-Wan et Anakin, qui furent drogués via leurs boissons, menottés et encordés par une ligne électrique au comte pour les empêcher de se mouvoir à loisir. Sitôt les effets du narcotique ingéré un peu plus tôt dissipés, les Jedi eurent la désagréable surprise de se retrouver en compagnie de Tyranus dans une même cellule, en plus du fait d'avoir été dupés par les Weequays en dépit des avertissements du Sith concernant la sournoiserie de leurs ravisseurs. Furieux de devoir supporter la présence de son ennemi, Skywalker fut rappelé à plus de tempérance par Kenobi, surtout si les trois compagnons de cellule espéraient s'évader, comme le souligna le comte. Peu de temps après, Dooku eut l'idée de profiter d'un moment d'absence de la sentinelle en poste devant leur cellule pour invoquer la Force afin de soulever l'assiette de fruits du gardien et la faire léviter jusqu'aux barreaux de la geôle. Anakin arguant que la priorité n'était pas de manger mais de s'évader, le Jedi ne put remarquer qu'en réalité Dooku voulait utiliser le couteau placé sur le rebord de l'assiette. Il utilisa l'outil tranchant pour l'insérer dans la fente murale actionnant le mécanisme d'ouverture de la porte et ainsi leur donner le champ libre, et ne rata pas cette opportunité pour se congratuler.
Sortant sans attendre leur reste, les trois hommes toujours ligotés ensemble arpentèrent furtivement les couloirs de la base dans l'espoir de trouver la sortie. Le comte assomma même un garde au passage en dépit des entraves qu'il avait aux mains. Le garde en question avait une clé permettant d'ouvrir la coursive menant au hangar, mais de l'autre côté de la porte des Weequays en faction les surprirent, en plus de ceux appelés en renfort par Pilf Mukmuk, le singe-lézard Kowakien d'Ohnaka, qui avait repéré les captifs en fuite. Réincarcérés, les trois hommes s'accordèrent sur le fait qu'il fallait qu'ils s'évadent avant l'arrivée de la rançon républicaine et effectuèrent une seconde tentative d'évasion grâce aux talents de persuasion de Kenobi, qui convainquit le garde en poste de les laisser partir, ce qui sembla impressionner même le Seigneur Sith. Esquivant les personnes éventuelles que les trois humains pouvaient croiser, Anakin profita de ces instants pour souligner l'âge certain de Dooku, qui ne se déplaçait plus aussi lestement et rapidement qu'autrefois. Contenant son courroux, Dooku aurait volontiers tué ses compagnons d'infortune si, ce faisant, cela ne l'obligeait pas à traîner leurs dépouilles avec lui.
Mais les palabres cessèrent bien vite car leurs geôliers se rendirent compte de leur évasion et sonnèrent l'alerte. Recourant à la Force pour renverser des caisses et ainsi obstruer le passage derrière eux, Dooku suivit les Jedi lorsque Skywalker défonça une porte donnant sur l'extérieur ; de là, ils pourraient franchir le rempart de la base. Accompagnant Anakin et Obi-Wan dans leur élan, Skywalker ayant saisi une barre métallique pour faire office de perche censée les propulser sur le mur d'enceinte ou au-delà, Dooku fut victime de sa position d'arrière-garde du groupe et, le saut ayant été trop court, se retrouva suspendu à l'instar de Kenobi tandis qu'Anakin s'agrippait désespérément au rebord sommital du rempart. Par ailleurs, le trio se retrouva sous le feu nourri de leurs poursuivants, l'un des tirs sectionnant le lien reliant Kenobi à Dooku. Il fallut les réflexes du Maître Jedi pour éviter au Sith de choir, mais cette position précaire fit que les trois hommes furent prestement ramenés en cellule. Anakin commença à perdre patience et suggéra à son confrère de se débarrasser du poids mort, l'allusion à Dooku étant à peine masquée.
Mais les Jedi furent sollicités par Ohnaka pour être soumis à la torture tandis que le Comte Dooku fut laissé dans sa cellule. Puis, une brusque coupure de courant, imputable aux actions de Jar Jar Binks, venu avec quelques clones apporter la rançon puis parti en mission pour sauver ses amis, offrit son salut au Seigneur Sith qui ouvrit aisément les portes de sa prison et étouffa le garde avec ses liens. La confusion régnant dans la base suite à la rupture du réseau énergétique, Dooku s'achemina vers l'aire d'un vaisseau sur laquelle il rencontra les Weequays Turk Falso et Barb Mentir : le Sith étrangla Falso et le manipula pour qu'il fît feu avec son blaster sur Mentir, puis Tyranus acheva d'étrangler Falso avant de prendre la poudre d'escampette à bord d'une navette d'attaque Flarestar, regagnant ainsi tranquillement le territoire de la Confédération des Systèmes Indépendants.
Ultérieurement, le disciple de Dark Sidious autorisa le général Neimoidien Lok Durd à mettre en chantier son projet d'arme innovatrice, le Défoliateur, qui assurerait la victoire aux Séparatistes en ne détruisant que la matière organique tout en préservant les droïdes sur les champs de bataille. Pour les tests préliminaires du Défoliateur, Durd jeta son dévolu sur le monde de Maridun et Dooku espérait que l'efficacité de l'arme serait à la hauteur du prix déboursé. Après avoir constaté par transmission holographique les effets dévastateurs du Défoliateur sur le paysage de Maridun, le Comte Dooku voulut vérifier l'efficience de ce nouveau gadget technologique sur les êtres organiques et les Lurmen habitant le village proche de la base de Durd furent sélectionnés pour servir de cobayes. Avec l'assentiment du comte, Lok Durd put procéder aux essais, mais le Neimoidien dut faire face à un impondérable : la présence sur Maridun des Jedi Ahsoka Tano, Anakin Skywalker et Aayla Secura, ainsi que de clones. L'intervention des gardiens de la paix prémunit les Lurmen de l'anéantissement, Durd fut arrêté et son arme neutralisée. Dooku fut sans doute mis au courant de l'échec du Neimoidien, mais il semblait n'avoir cure du sort de son général ventripotent.
Lors de l'invasion puis de l'occupation de Ryloth, monde natal des Twi'leks, Dooku donna au leader du Techno-Syndicat, Wat Tambor, les plus strictes recommandations en ce qui concernait les manœuvres des Jedi et de la République dans le système, sachant pertinemment qu'un monde de cette importance ferait l'objet d'une reconquête de la part de l'Armée Clone. Toutefois, malgré ces conseils avisés, les subordonnés de Tambor furent incapables d'empêcher la République de forcer le blocus instauré en orbite de Ryloth et de déposer des troupes terrestres qui convergeraient inéluctablement vers Lessu, la capitale planétaire. Face au rouleau compresseur de la Grande Armée, il devint claire pour Tyranus que Ryloth serait bientôt perdue et ordonna par conséquent à Tambor de quitter la planète au plus vite en prenant soin d'emporter tout ce qui pouvait avoir une valeur marchande et de laisser ce qui ne pouvait être emporté.
Car Dooku comptait ne laisser que des ruines derrière lui, désirant appliquer le principe de la terre brûle afin de faire passer aux autres mondes un message à valeur politique : montrer ce qu'il en coûtait à vouloir laisser la République gagner. Mais c'était sans compter sur la réticence de Wat Tambor à évacuer les lieux, chose que le Skakoan retarda au point qu'il le paya et fut finalement capturé par Maître Windu en personne quand les troupes alliées de la République et des Combattants de la Liberté Twi'leks investirent Lessu. Mais les ordres de Dooku tenaient toujours et, en dépit de la capture de Tambor, le comte souhaitait que Lessu fût détruite par les bombardiers Hyena séparatistes, mais ce plan tourna court quand Skywalker et sa Padawan Tano abattirent les appareils ennemis, sauvant de ce fait la capitale de Ryloth et mettant un terme à la bataille pour libérer ce monde.
Par la suite, Dooku se rendit sur Behpour, située dans le système de Naboo, afin de vérifier par lui-même l'efficacité d'une toute nouvelle arme mise au point par Kul Teska, capable de détruire le soleil de Naboo. Toutefois, les informations relatives à l'emplacement de l'installation secrète construite sur Behpour furent éventées et une force d'assaut de la République envahit la planète pour mettre un terme à ces sinistres desseins. Ce ne fut que lorsque le gros des troupes républicaines mené par Mace Windu et Ahsoka Tano investit l'installation séparatiste que Dooku s'invita à la partie. Tyranus se rendit ainsi sur une plate-forme de la base pour neutraliser des clones attendant avec le vaisseau Twilight de pouvoir évacuer les Généraux Jedi de ce nid de Séparatistes. Prestement, Dooku para les tirs de la petite escouade, les repoussa à l'intérieur du Twilight et désolidarisa le vaisseau de son dock d'amarrage, les gêneurs étant ainsi mis hors de combat alors que les Jedi Obi-Wan Kenobi et Mace Windu arrivaient à ce moment précis au point d'extraction.
Après un bref échange des plus incisifs, Dooku engagea plusieurs de ses MagnaGardes dans un duel pour éliminer ses adversaires, mais les sbires robotiques ne tinrent guère longtemps face aux deux Jedi. Devant régler le problème par lui-même, Dooku dégaina son arme à lame écarlate et croisa le fer avec les deux Généraux Jedi, qui peinèrent à trouver une faille dans la défense de Dooku, constituée de parades et d'attaques maîtrisées ainsi que de flots d'éclairs de Force. Toutefois, le Sith montra quelques signes de fatigue au bout d'un certain temps, et le duel aurait pu connaître un terme rapide avec la défaite de Dooku si une explosion bienvenue n'avait pas fait vaciller la plate-forme où les bretteurs combattaient. Si Dooku chuta de l'aire d'atterrissage, il fut rattrapé en vol par une navette Sheathipede, et le Seigneur Sith et son apprentie Asajj Ventress levèrent le camp suite à ce nouvel échec sur Behpour.
La suite et fin de cette fiche sera complétée au fur et à mesure des semaines suivantes. Veuillez rester attentifs pour suivre ces mises à jours et encore merci de votre compréhension chers lecteurs.